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Le récepteur des virus de type SARS-CoV chez les chauves-souris est-il encore inconnu ?

Le récepteur des virus de type SARS-CoV chez les chauves-souris est-il encore inconnu ?



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Une revue assez détaillée de 2012 (Whittaker et al.) sur les mécanismes d'entrée dans les cellules du coronavirus médiée par la protéine virale de pointe a noté que

Des virus de type SRAS-CoV ont été isolés chez des chauves-souris. Dans ce cas, l'entrée ne se fait pas via ACE2 et leur(s) récepteur(s) est/sont inconnu(s); cependant, le remplacement de la séquence d'acides aminés trouvée entre les résidus 323 et 505 par la séquence correspondante du SARS-CoV RBD est suffisant pour permettre l'utilisation du récepteur ACE2 humain [46].

Le récepteur réel (chauve-souris) qui permet aux virus de type SRAS-CoV de se répliquer chez les chauves-souris est-il encore inconnu ?


Résumé

Une épidémie en cours de pneumonie causée par un nouveau coronavirus, actuellement désigné sous le nom de coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), a été signalée récemment. Cependant, le SARS-CoV-2 étant un virus émergent, nous en savons peu à son sujet. Dans cette revue, nous résumons les événements clés survenus au début de l'épidémie de SRAS-CoV-2, les caractéristiques de base de l'agent pathogène, les signes et symptômes des patients infectés ainsi que les voies de transmission possibles du virus. De plus, nous passons également en revue les connaissances actuelles sur l'origine et l'évolution du SARS-CoV-2. Nous soulignons les chauves-souris comme réservoir naturel potentiel et les pangolins comme hôte intermédiaire possible du virus, mais leurs rôles attendent d'être approfondis. Enfin, les avancées dans le développement d'options chimiothérapeutiques sont également brièvement résumées.

Mots clés: Coronavirus, Nouveau coronavirus, pneumonie, SARS-CoV-2, COVID-19


Spike Structure donne un aperçu de l'évolution du SRAS-CoV-2

Abby Olena
16 juil. 2020

CI-DESSUS : Deux modèles de la protéine de pointe SARS-CoV-2 montrent le domaine de liaison au récepteur fermé (tan, gauche) et le domaine de liaison au récepteur ouvert (tan, droite).
ADAPTÉ D'UNE VIDÉO DE DONALD BENTON

Il est clair que le SRAS-CoV-2, le coronavirus à l'origine de la pandémie de COVID-19, est le plus étroitement lié à un groupe de virus qui infectent généralement les chauves-souris. Mais il reste à voir exactement comment et où il a évolué pour devenir un agent pathogène respiratoire aussi efficace. Or, dans une étude publiée le 9 juillet dans Biologie structurale et moléculaire de la nature, les chercheurs ont déterminé que les protéines de pointe du SARS-CoV-2 et du coronavirus de chauve-souris étroitement apparenté RaTG13, bien que globalement structurées de la même manière, diffèrent par leur stabilité et leur affinité pour la liaison de l'ACE2, le récepteur que le SARS-CoV-2 utilise pour infecter les cellules humaines. .

La différence substantielle dans la protéine de pointe du parent viral le plus proche "vous dit qu'il ne s'agissait pas d'un saut direct de ce virus vers l'homme", explique Amesh Adalja, un médecin qui étudie les maladies infectieuses émergentes à la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health et n'a pas participé aux travaux. Il est probable que le SRAS-CoV-2 "avait évolué chez d'autres espèces - peut-être une espèce intermédiaire - avant d'acquérir la capacité d'être cet agent pathogène humain d'un tel degré qu'il l'est aujourd'hui".

Un groupe de chercheurs du laboratoire du biologiste structural Steve Gamblin au Francis Crick Institute au Royaume-Uni s'est spécialisé dans la compréhension de la façon dont les modifications de la forme des protéines à la surface du virus de la grippe lui permettent de passer d'une espèce à l'autre, Donald Benton, postdoctorant en le laboratoire Gamblin, raconte Le scientifique. Plus tôt cette année, lorsqu'il est devenu clair que le SRAS-CoV-2 prenait de l'ampleur, ils ont décidé de consacrer leur expertise à poser le même type de questions sur le coronavirus, en se concentrant sur ses protéines de pointe emblématiques qui dépassent de la surface virale.

Des travaux antérieurs ont montré que la protéine de pointe SARS-CoV-2 doit être coupée entre deux acides aminés à la jonction entre la partie de la protéine qui lie un récepteur et le domaine de la protéine responsable de la fusion avec la membrane de la cellule hôte. Plutôt que de couper la protéine en deux, cet événement de clivage, réalisé pour le SRAS-CoV-2 par la protéase furine humaine, augmenterait la flexibilité de la protéine afin qu'elle puisse pénétrer dans les cellules de mammifères. Pour étudier comment ce clivage affecte la structure de la protéine, Benton et ses collègues ont généré une version de la protéine de pointe SARS-CoV-2 avec le site de clivage de la furine intact, puis ont exposé cette protéine à la furine pour générer une version clivée.

Voir "Les scientifiques recherchent les faiblesses de la protéine de pointe SARS-CoV-2"

Sous sa forme non clivée, la protéine était stable, avec trois composants connus sous le nom de domaines de liaison aux récepteurs (RBD), qui sont censés se lier à l'ACE2, étroitement nichés dans la partie supérieure de la protéine. Après le clivage de la furine, l'un des RBD a tourné pour ouvrir une surface au sommet de la protéine pour l'interaction ACE2. Les résultats indiquent que le clivage de la furine semble rendre la protéine de pointe plus susceptible d'adopter une forme ouverte qui lui permet de se lier au récepteur et d'entrer dans les cellules humaines.

Selon une étude publiée en février, le SARS-CoV-2 et le RaTG13 partagent environ 96% de leurs génomes et environ 93% de similitude de séquence dans leurs gènes de protéines de pointe, faisant de RaTG13 le parent le plus proche du SRAS-CoV-2 jamais trouvé. Dans des travaux publiés en avril, les chercheurs ont montré que les séquences d'acides aminés des deux protéines étaient les moins similaires (environ 90 %) dans les RBD et que le site de clivage de la furine dans la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 est absent dans RaTG13, constatent Benton et collègues ont confirmé.

Les auteurs du nouvel article ont également observé que la protéine de pointe SARS-CoV-2 se lie à l'ACE2 environ 1 000 fois plus étroitement que la protéine de pointe RaTG13.

"Il semble que ce virus de chauve-souris particulier ne soit pas directement capable d'infecter les humains en raison de sa faible capacité à se lier au récepteur humain", a déclaré Benton. Le scientifique.

"Nous n'avons probablement toujours pas trouvé le bon virus de chauve-souris qui a réellement fait ce saut" aux gens, dit-il, bien qu'il existe certains coronavirus chez les pangolins - des mammifères couverts d'écailles trouvés en Asie et en Afrique - qui ont des RBD similaires dans leurs protéines de pointe.

Dans une étude publiée le 1er juillet, les chercheurs ont proposé que des événements de recombinaison entre plusieurs coronavirus de différentes espèces, y compris potentiellement RaTG13, auraient pu conduire à l'émergence du SRAS-CoV-2, une idée qui est étayée par les résultats de l'étude actuelle, selon Benton et ses collègues. "Ce n'est pas seulement plausible, je pense que c'est aussi parcimonieux", déclare Adam Frost, biologiste structural à l'Université de Californie à San Francisco, qui n'a participé à aucune des deux études. "L'endroit où cet événement de recombinaison a eu lieu reste inconnu. . . et il peut être très difficile d'en être absolument sûr.

Au-delà de la vision évolutive, ces nouvelles structures peuvent également aider les chercheurs à générer des outils, tels que des anticorps et des domaines ACE2 synthétiques, qui pourraient se fixer au RBD et l'empêcher d'engager l'ACE2 endogène, explique Frost. « Dans l'ensemble, ces nouveaux états structurels nous aideront à la fois à développer et à comprendre ces types de réactifs thérapeutiques. »


Méthodes en ligne

Échantillonnage

Les chauves-souris ont été piégées dans leur habitat naturel tel que décrit précédemment 5 . Des échantillons d'écouvillonnage de gorge et de selles ont été prélevés dans un milieu de transport viral (VTM) composé de solution saline équilibrée de Hank, pH 7,4, contenant de la BSA (1 %), de l'amphotéricine (15 g ml -1 ), de la pénicilline G (100 U ml -1 ) et streptomycine (50 µg ml -1 ). Pour prélever des échantillons de matières fécales fraîches, des feuilles de plastique propres mesurant 2,0 m sur 2,0 m ont été placées sous des sites de repos connus de chauves-souris à environ 18 h chaque soir. Des échantillons de matières fécales relativement frais ont été prélevés sur des draps vers 5 h 30 à 6 h le lendemain matin et placés dans un VTM. Les échantillons ont été transportés au laboratoire et conservés à -80 °C jusqu'à utilisation. Tous les animaux piégés pour cette étude ont été relâchés dans leur habitat après la collecte des échantillons. Tous les processus d'échantillonnage ont été effectués par des vétérinaires avec l'approbation du Comité d'éthique animale de l'Institut de virologie de Wuhan (WIVH05210201) et de l'Alliance EcoHealth dans le cadre d'un accord interinstitutionnel avec l'Université de Californie à Davis (protocole UC Davis n° 16048).

Extraction d'ARN, PCR et séquençage

L'ARN a été extrait de 140 l d'écouvillons ou d'échantillons fécaux avec un mini kit d'ARN viral (Qiagen) en suivant les instructions du fabricant. L'ARN a été élué dans 60 µl de tampon sans RNAse (tampon AVE, Qiagen), puis aliquoté et conservé à -80°C. La RT-PCR en une étape (Invitrogen) a été utilisée pour détecter les séquences de coronavirus comme décrit précédemment 15 . Le premier tour de PCR a été réalisé dans un mélange réactionnel de 25 l contenant 12,5 l de tampon de mélange réactionnel PCR 2×, 10 pmol de chaque amorce, 2,5 mM de MgSO4, 20 U d'inhibiteur de RNase, 1 l de mélange d'enzymes SuperScript III/ Platinum Taq et 5 l d'ARN . L'amplification du fragment de gène RdRP a été réalisée comme suit : 50 °C pendant 30 min, 94 °C pendant 2 min, suivis de 40 cycles consistant en 94 °C pendant 15 s, 62 °C pendant 15 s, 68 °C pendant 40 s, et une extension finale de 68 ° C pendant 5 min. La PCR du deuxième tour a été réalisée dans un mélange réactionnel de 25 l contenant 2,5 l de tampon de réaction PCR, 5 pmol de chaque amorce, 50 mM de MgCl2, 0,5 mM de dNTP, 0,1 l d'enzyme Platinum Taq (Invitrogen) et 1 l de produit PCR de premier tour. L'amplification du fragment de gène RdRP a été réalisée comme suit : 94 °C pendant 5 min suivi de 35 cycles consistant en 94 °C pendant 30 s, 52 °C pendant 30 s, 72 °C pendant 40 s, et une extension finale de 72°C pendant 5 minutes.

Pour amplifier la région RBD, une RT-PCR en une étape a été réalisée avec des amorces conçues sur la base des SARS-CoV ou des chauves-souris SL-CoV disponibles (amorces PCR de premier tour F, avant R, inverse : CoVS931F-5′-VWGADGTTGTKAGRTTYCCT-3′ et CoVS1909R-5′-TAARACAVCCWGCYTGWGT-3′ secondes amorces PCR : CoVS951F-5′-TGTKAGRTTYCCTAAYATTAC-3′ et CoVS1805R-5′-ACATCYTGATANARAACAGC-3′). La PCR de premier tour a été réalisée dans un mélange réactionnel de 25 pi comme décrit ci-dessus, sauf que des amorces spécifiques pour le gène S ont été utilisées. L'amplification de la région RBD du gène S a été réalisée comme suit : 50 °C pendant 30 min, 94 °C pendant 2 min, suivi de 35 cycles consistant en 94 °C pendant 15 s, 43 °C pendant 15 s, 68 °C pendant 90 s, et une extension finale de 68 °C pendant 5 min. La PCR de second tour a été réalisée dans un mélange réactionnel de 25 l contenant 2,5 l de tampon de réaction PCR, 5 pmol de chaque amorce, 50 mM de MgCl2, 0,5 mM de dNTP, 0,1 l d'enzyme Platinum Taq (Invitrogen) et 1 l de produit PCR de premier tour. L'amplification a été réalisée comme suit : 94 °C pendant 5 min suivis de 40 cycles consistant en 94 °C pendant 30 s, 41 °C pendant 30 s, 72 °C pendant 60 s et une extension finale de 72 °C pendant 5 min .

Les produits de PCR ont été purifiés sur gel et clonés dans pGEM-T Easy Vector (Promega). Au moins quatre clones indépendants ont été séquencés pour obtenir une séquence consensus pour chacune des régions amplifiées.

Séquençage de génomes complets

Les amorces de coronavirus dégénéré ont été conçues sur la base de toutes les séquences disponibles du SRAS-CoV et du SL-CoV de chauve-souris dans GenBank et des amorces spécifiques ont été conçues à partir des séquences du génome générées lors des précédents cycles de séquençage de cette étude (les séquences d'amorces seront fournies sur demande). Toutes les PCR ont été réalisées à l'aide du kit One-Step RT-PCR (Invitrogen). Les extrémités génomiques 5' et 3' ont été déterminées à l'aide du kit 5' ou 3' RACE (Roche), respectivement. Les produits de PCR ont été purifiés sur gel et séquencés directement ou après clonage dans pGEM-T Easy Vector (Promega). Au moins quatre clones indépendants ont été séquencés pour obtenir une séquence consensus pour chacune des régions amplifiées et chaque région a été séquencée au moins deux fois.

Analyse des séquences et numéros d'accès à la banque de données

La gestion et l'analyse de routine des séquences ont été effectuées à l'aide de DNAStar ou Geneious. L'alignement et l'édition des séquences ont été effectués à l'aide de ClustalW, BioEdit ou GeneDoc. Des arbres phylogénétiques de probabilité maximale basés sur les séquences protéiques ont été construits à l'aide d'un modèle de Poisson avec des valeurs de bootstrap déterminées par 1 000 répétitions dans le progiciel MEGA5.

Les séquences obtenues dans cette étude ont été déposées dans GenBank comme suit (numéros d'accès donnés entre parenthèses) : séquence complète du génome de SL-CoV RsSHC014 et Rs3367 (KC881005, KC881006) séquence complète de WIV1 S (KC881007) RBD (KC880984 -KC881003) ACE2 (KC8810040). Séquences SARS-CoV utilisées dans cette étude : souches humaines SARS-CoV Tor2 (AY274119), BJ01 (AY278488), GZ02 (AY390556) et civette SARS-CoV souche SZ3 (AY304486). Séquences de coronavirus de chauve-souris utilisées dans cette étude : Rs672 (FJ588686), Rp3 (DQ071615), Rf1 (DQ412042), Rm1 (DQ412043), HKU3-1 (DQ022305), BM48-31 (NC_014470), HKU9-1 (NC_009021), HKU4 (NC_009019), HKU5 (NC_009020), HKU8 (DQ249228), HKU2 (EF203067), BtCoV512 (NC_009657), 1A (NC_010437). Autres séquences de coronavirus utilisées dans cette étude : HCoV-229E (AF304460), HCoV-OC43 (AY391777), HCoV-NL63 (AY567487), HKU1 (NC_006577), EMC (JX869059), FIPV (NC_002306), PRCV (DQ811787), BWCoV (NC_010646), MHV (AY700211), IBV (AY851295).

Amplification, clonage et expression du gène ACE2 de chauve-souris

La construction de clones d'expression pour l'ACE2 humain et civette dans pcDNA3.1 a été décrite précédemment 29 . Bat ACE2 a été amplifié à partir d'un R. sinicus (échantillon n°3357). En bref, l'ARN total a été extrait du tissu rectal de chauve-souris à l'aide du RNeasy Mini Kit (Qiagen). L'ADN complémentaire du premier brin a été synthétisé à partir de l'ARN total par transcription inverse avec des hexamères aléatoires. chauve-souris pleine longueur ACE2 les fragments ont été amplifiés en utilisant l'amorce sens bAF2 et l'amorce inverse bAR2 (réf. 29). Les ACE2 gène a été cloné dans pCDNA3.1 avec KpnI et Xhol, et vérifié par séquençage. Purifié ACE2 les plasmides ont été transfectés dans des cellules HeLa. Après 24 h, les lysats de cellules HeLa exprimant l'ACE2 humain, civette ou chauve-souris ont été confirmés par western blot ou par immunofluorescence.

Analyse Western blot

Des lysats de cellules ou des surnageants filtrés contenant des pseudovirus ont été séparés par SDS-PAGE, suivi d'un transfert sur une membrane de nitrocellulose (Millipore). Pour la détection de la protéine S, la membrane a été incubée avec des polyanticorps de lapin anti-Rp3 S fragment (acides aminés 561-666) (1:200), et les anticorps liés ont été détectés par IgG de chèvre anti-lapin conjugué à la phosphatase alcaline (AP) (1:1 000). Pour la détection de HIV-1 p24 dans les surnageants, un anticorps monoclonal contre HIV p24 (p24 MAb) a été utilisé comme anticorps primaire à une dilution de 1:1000, suivi d'une incubation avec des IgG anti-souris de chèvre conjuguées à l'AP à la même dilution. Pour détecter l'expression de l'ACE2 dans les cellules HeLa, un anticorps de chèvre contre l'ectodomaine ACE2 humain (1:500) a été utilisé comme premier anticorps, suivi d'une incubation avec une IgG d'âne anti-chèvre conjuguée à la peroxydase de raifort (1:1 000).

Isolement du virus

Les monocouches de cellules Vero E6 ont été maintenues dans du DMEM additionné de 10 % de FCS. Les échantillons positifs pour la PCR (dans 200 l de tampon) ont été centrifugés en gradient à 3 000-12 000g, et le surnageant ont été dilués au 1:10 dans du DMEM avant d'être ajoutés aux cellules Vero E6. Après incubation à 37°C pendant 1 h, les inoculums ont été retirés et remplacés par du DMEM frais avec 2% de FCS. Les cellules ont été incubées à 37°C pendant 3 jours et contrôlées quotidiennement pour l'effet cytopathique. Des triples antibiotiques à double dose pénicilline/streptomycine/amphotéricine (Gibco) ont été inclus dans tous les milieux de culture tissulaire (pénicilline 200 UI ml -1 , streptomycine 0,2 mg ml -1 , amphotéricine 0,5 g ml -1 ). Trois passages à l'aveugle ont été effectués pour chaque échantillon. Après chaque passage, le surnageant de culture et le culot cellulaire ont été examinés pour la présence de virus par RT-PCR en utilisant des amorces ciblant le gène RdRP ou S. Les virions dans le surnageant (10 ml) ont été collectés et fixés à l'aide de formaldéhyde 0,1% pendant 4 h, puis concentrés par ultracentrifugation sur coussin de saccharose à 20% (5 ml) à 80 000g pendant 90 min à l'aide d'un rotor Ty90 (Beckman). Les particules virales en culot ont été mises en suspension dans 100 ul de PBS, colorées avec de l'acide phosphotungstique à 2 % (pH 7,0) et examinées à l'aide d'un microscope électronique à transmission (FEI) Tecnai à 200 kV.

Infectiosité du virus détectée par dosage d'immunofluorescence

Les lignées cellulaires utilisées pour cette étude et leurs conditions de culture sont résumées dans le tableau de données étendu 5. Le titre de virus a été déterminé dans des cellules Vero E6 par des comptages d'effet cytopathique (CPE). Des lignées cellulaires d'origines différentes et des cellules HeLa exprimant ACE2 d'humain, de civette ou de rhinolophe chinois ont été cultivées sur des lamelles couvre-objets dans des plaques 24 puits (Corning) incubées avec bat SL-CoV-WIV1 à une multiplicité d'infection = 10 pendant 1 h. L'inoculum a été retiré et lavé deux fois avec du PBS et additionné de milieu. Des cellules HeLa sans expression de ACE2 et des cellules Vero E6 ont été utilisées comme témoins négatifs et positifs, respectivement. 24 h après l'infection, les cellules ont été lavées avec du PBS et fixées avec du formaldéhyde à 4 % dans du PBS (pH 7,4) pendant 20 min à 4 °C. L'expression de l'ACE2 a été détectée en utilisant une immunoglobuline de chèvre anti-humaine ACE2 (R&D Systems) suivie d'une immunoglobuline d'âne anti-chèvre marquée au FITC (PTGLab). La réplication du virus a été détectée en utilisant un anticorps de lapin contre la protéine de nucléocapside SL-CoV Rp3 suivi d'IgG anti-lapin de souris conjugué à Cy3. Les noyaux ont été colorés au DAPI. Les motifs de coloration ont été examinés à l'aide d'un microscope confocal FV1200 (Olympus).

Infectiosité virale détectée par RT-PCR en temps réel

Des cellules Vero E6, A549, PK15, RSKT et HeLa avec ou sans expression d'ACE2 d'origines différentes ont été inoculées avec 0,1 TCID50 WIV-1 et incubé pendant 1 h à 37 °C. Après élimination de l'inoculum, les cellules ont été cultivées avec un milieu contenant 1% de FBS. Les surnageants ont été collectés à 0, 12, 24 et 48 h. L'ARN de 140 l de chaque surnageant a été extrait avec le Viral RNA Mini Kit (Qiagen) en suivant les instructions du fabricant et élué dans 60 l de tampon AVE (Qiagen). L'ARN a été quantifié sur le système ABI StepOne, avec le kit TaqMan AgPath-ID One-Step RT-PCR (Applied Biosystems) dans un mélange réactionnel de 25 l contenant 4 l d'ARN, 1 × mélange d'enzymes RT-PCR, 1 × RT-PCR tampon, 40 pmol d'amorce sens (5′-GTGGTGGTGACGGCAAAATG-3′), 40 pmol d'amorce inverse (5′-AAGTGAAGCTTCTGGGCCAG-3′) et 12 pmol de sonde (5′-FAM-AAAGAGCTCAGCCCCATAGATG-BHQ1-3′). Les paramètres d'amplification étaient de 10 min à 50 °C, 10 min à 95 °C et 50 cycles de 15 s à 95 °C et 20 s à 60 °C. Des dilutions d'ARN provenant du stock de WIV-1 purifié ont été utilisées comme standard.

Test de neutralisation du sérum

Les sérums de patients atteints du SRAS ont été inactivés à 56 °C pendant 30 minutes, puis utilisés pour des tests de neutralisation virale. Les sérums ont été dilués en commençant par 1:10 puis dilués en série deux fois dans des plaques cellulaires à 96 puits jusqu'à 1:40. Chaque dilution de 100 l de sérum a été mélangée avec 100 l de surnageant viral contenant 100 TCID50de WIV1 et incubé à 37°C pendant 1 h. Le mélange a été ajouté dans des puits en triple de plaques de cellules à 96 puits avec des monocouches plaquées de cellules Vero E6 et incubé à 37°C pendant 2 jours. Le sérum d'un donneur de sang sain a été utilisé comme contrôle négatif dans chaque expérience. L'ECP a été observée au microscope inversé 2 jours après l'inoculation.Le titre d'anticorps neutralisants a été lu comme la dilution la plus élevée de sérum qui a complètement supprimé le CPE dans les puits infectés. Le test de neutralisation a été répété deux fois.

Analyse de recombinaison

Les séquences génomiques complètes de SL-CoV Rs3367 ou RsSHC014 ont été alignées avec celles de SARS-CoV et de SL-CoV de chauve-souris sélectionnés à l'aide de Clustal X. Les séquences alignées ont été préalablement analysées pour les événements de recombinaison à l'aide du programme de détection de recombinaison (RDP) 4.0 (réf. 19). Les événements de recombinaison potentiels suggérés par RDP en raison de leur forte P les valeurs (<10–20) ont été étudiées plus avant par des analyses de diagramme de similarité et de bootscan implémentées dans Simplot 3.5.1. L'origine phylogénétique des régions parentales majeures et mineures de Rs3367 ou RsSHC014 a été construite à partir des séquences concaténées des ORF essentiels des régions parentales majeures et mineures de SARS-CoV et SL-CoV sélectionnés. Deux régions du génome entre trois points de rupture estimés (20 827-26 553 et 26 554-28 685) ont été alignées indépendamment à l'aide de ClustalX et ont généré deux alignements de 5 727 paires de bases et 2 133 paires de bases. Les deux alignements ont été utilisés pour construire des arbres à maximum de vraisemblance afin de mieux déduire les parents des fragments. Toutes les numérotations de nucléotides dans cette étude sont basées sur la position du génome Rs3367.


Évolution et origines de la vie Modifier

  • Origine de la vie. Comment et quand la vie sur Terre est-elle née exactement ? Laquelle, le cas échéant, des nombreuses hypothèses est correcte ? Quelles étaient les voies métaboliques utilisées par les premières formes de vie ?
    • Origines des virus. Comment et quand les différents groupes de virus sont-ils apparus exactement ?
    • Vie extraterrestre. Une vie qui ne vient pas de la planète Terre se serait-elle aussi développée sur d'autres planètes ? Cette vie serait-elle intelligente ?
    • Quels sont les produits chimiques origines de la vie? Comment les composés chimiques non vivants ont-ils généré des formes de vie complexes et autoréplicables ?
      . Quelle est la cause de l'homosexualité, en particulier dans l'espèce humaine ?
  • Biochimie et biologie cellulaire Modifier

    • Que font toutes les protéines inconnues ? Près de deux décennies après le séquençage des premiers eucaryotes, le "rôle biologique" d'environ 20% des protéines est encore inconnu. [2] Beaucoup de ces protéines sont conservées dans la plupart des espèces eucaryotes et certaines sont conservées dans les bactéries, indiquant un rôle fondamental pour la vie. [3][4][5]
    • Déterminants de la taille des cellules. Comment les cellules déterminent-elles la taille à atteindre avant de se diviser ?
    • Appareil de Golgi. En théorie cellulaire, quel est le mécanisme de transport exact par lequel les protéines traversent l'appareil de Golgi ?
    • Mécanisme d'action des médicaments. Les mécanismes d'action de nombreux médicaments, dont le paracétamol, le lithium, la thalidomide et la kétamine[6], ne sont pas complètement élucidés.
    • Repliement des protéines. Quel est le code de pliage ? Quel est le mécanisme de pliage ? Peut-on prédire la structure native d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés ? Est-il possible de prédire la structure secondaire, tertiaire et quaternaire d'une séquence polypeptidique en se basant uniquement sur la séquence et les informations environnementales ? Problème de repliement inverse des protéines : est-il possible de concevoir une séquence polypeptidique qui adoptera une structure donnée dans certaines conditions environnementales ? [7][8] Ceci a été réalisé pour plusieurs petites protéines globulaires en 2008. [9] En 2020, il a été annoncé que l'AlphaFold de Google, un réseau de neurones basé sur l'intelligence artificielle DeepMind, est capable de prédire la forme finale d'une protéine basée uniquement sur sa chaîne d'acides aminés avec une précision d'environ 90 % sur un échantillon test de protéines utilisé par l'équipe. [dix]
    • Cinétique enzymatique: Pourquoi certaines enzymes présentent-elles une cinétique plus rapide que la diffusion ? [11]
    • Problème de repliement de l'ARN : Est-il possible de prédire avec précision la structure secondaire, tertiaire et quaternaire d'une séquence d'acide polyribonucléique en fonction de sa séquence et de son environnement ?
    • Conception de protéines : Est-il possible de concevoir des enzymes hautement actives de novo pour toute réaction souhaitée? [12]
    • Biosynthèse : Les molécules souhaitées, produits naturels ou autres, peuvent-elles être produites à haut rendement grâce à la manipulation de la voie biosynthétique ? [13]
    • Quel est le mécanisme des transitions allostériques des protéines? Les modèles concertés et séquentiels ont fait l'objet d'hypothèses mais aucun n'a été vérifié.
    • Que sont les ligands endogènes de récepteurs orphelins?
    • Quelle substance est facteur hyperpolarisant dérivé de l'endothélium?

    Autre Modifier

    • Pourquoi le vieillissement biologique se produit-il ? Il existe un certain nombre d'hypothèses expliquant pourquoi la sénescence se produit, notamment celles selon lesquelles elle est programmée par des modifications de l'expression des gènes et qu'il s'agit des dommages cumulatifs des processus biologiques.
    • Cohérence du mouvement. Comment pouvons-nous nous déplacer de manière aussi contrôlée, même si les impulsions nerveuses motrices semblent aléatoires et imprévisibles ? [14]
    • Comment les organes atteignent-ils la forme et la taille correctes ?[15] Comment la forme et la taille finales des organes sont-elles formées de manière si fiable ? Ces processus sont en partie contrôlés par la voie de signalisation Hippo.
    • Les systèmes biologiques en développement peuvent-ils donner l'heure ?[15] Dans une certaine mesure, cela semble être le cas, comme le montre le gène CLOCK.
    • Pourquoi les bébés naissent-ils si rarement avec un cancer ?[16]
    • Domination : On ne sait pas comment se développe la latéralité, à quoi elle sert, pourquoi la droitière est beaucoup plus courante et pourquoi la gaucherie existe.
    • Rire: Bien qu'il soit généralement admis que le rire a évolué en tant que forme de communication sociale, le processus neurobiologique exact qui conduit les humains à rire n'est pas bien compris.
    • Bâillement: Il reste à établir quel est le but biologique ou social du bâillement. [17]
    • Pourquoi les humains ont-ils des empreintes digitales ? La fonction des crêtes épidermiques sur les doigts humains (empreintes digitales) n'est pas bien comprise. La théorie selon laquelle les empreintes digitales aident à maintenir l'adhérence a été réfutée. Il est probable que les empreintes digitales jouent un certain rôle dans la perception de la texture, mais cela reste à prouver. [18]
    • Baisse du nombre de spermatozoïdes masculins : On ne sait pas ce qui cause le déclin constant du nombre de spermatozoïdes dans le monde depuis le vingtième siècle. [19]
    • Baisse de la température moyenne du corps humain depuis le 19e siècle : Les données médicales suggèrent que la température corporelle moyenne a diminué de 0,6 Celsius depuis le 19ème siècle. La cause n'est pas claire bien qu'il ait été suggéré qu'elle ait une certaine relation avec une inflammation réduite due à une exposition réduite aux micro-organismes. [20]
    • Pourquoi y a-t-il des groupes sanguins ? On ne sait pas quelle est l'origine et le but d'avoir des groupes sanguins. On pense que le sang O peut être une adaptation au paludisme et que différents groupes sanguins répondent à différentes maladies, mais cette hypothèse n'a pas encore été prouvée. Pourquoi ces antigènes se sont-ils développés en premier lieu ? Qu'est-ce qui explique les différences de groupe sanguin? Quelle est l'ancienneté des différences de groupes sanguins? Qu'est-ce qui explique le grand nombre de groupes sanguins rares non ABO ? Quel est le rôle des groupes sanguins dans la lutte contre la maladie ? [21]
    • Effet d'éternuement photique : Qu'est-ce qui cause l'effet d'éternuement photique? Pourquoi est-ce si commun mais pas universel ?
    • Phéromones sexuelles humaines : Il existe des preuves contradictoires sur l'existence de phéromones humaines. Existent-ils réellement, et si oui, comment affectent-ils le comportement ? [22]
    • Existence du spot Grafenberg (G-spot) : Le point G existe-t-il vraiment ? Si oui, est-il présent chez toutes les femmes ? Qu'est-ce que c'est exactement ? [23]

    Neurosciences et cognition Modifier

    Neurophysiologie Modifier

    Dormir Quelle est la fonction biologique du sommeil ? Pourquoi rêvons-nous ? Quels sont les mécanismes cérébraux sous-jacents ? Quel est son rapport avec l'anesthésie ?
    Neuroplasticité À quel point le cerveau mature est-il plastique?
    Anesthésie générale Quel est le mécanisme par lequel cela fonctionne?
    Maladies neuropsychiatriques Quelles sont les bases neuronales (causes) des maladies mentales comme les troubles psychotiques (par exemple la manie, la schizophrénie), la maladie de Parkinson, la maladie d'Alzheimer ou la toxicomanie ? Est-il possible de récupérer une perte de fonction sensorielle ou motrice ?
    Calcul neuronal Quels sont les différents types de neurones et que font-ils dans le cerveau ?

    Cognition et psychologie Modifier

    Cognition et décisions Comment et où le cerveau évalue-t-il la valeur de la récompense et l'effort (coût) pour moduler le comportement ? Comment l'expérience antérieure modifie-t-elle la perception et le comportement ? Quelles sont les contributions génétiques et environnementales au fonctionnement du cerveau ?
    Neurosciences computationnelles Quelle est l'importance du moment précis des potentiels d'action pour le traitement de l'information dans le néocortex ? Existe-t-il un calcul canonique effectué par des colonnes corticales ? Comment l'information dans le cerveau est-elle traitée par la dynamique collective des grands circuits neuronaux ? Quel niveau de simplification convient à une description du traitement de l'information dans le cerveau ? Qu'est-ce que le code neuronal ?
    Théorie computationnelle de l'esprit Quelles sont les limites de la compréhension de la pensée en tant que forme d'informatique ?
    La conscience Quelle est la base cérébrale de l'expérience subjective, de la cognition, de l'éveil, de la vigilance, de l'éveil et de l'attention ? Y a-t-il un « problème difficile de la conscience » ? Si oui, comment est-il résolu ? Quelle est, le cas échéant, la fonction de la conscience ? [24] [25]
    Libre arbitre En particulier les neurosciences du libre arbitre
    Langue Comment est-il implémenté neuronalement ? Quelle est la base du sens sémantique ?
    Apprentissage et mémoire Où nos souvenirs sont-ils stockés et comment sont-ils récupérés à nouveau ? Comment améliorer l'apprentissage ? Quelle est la différence entre les souvenirs explicites et implicites ? Quelle molécule est responsable du marquage synaptique ?
    Noogenèse - l'émergence et l'évolution de l'intelligence Quels sont les lois et mécanismes - d'émergence d'idées nouvelles (insight, créativité synthèse, intuition, prise de décision, eurêka) développement (évolution) d'un esprit individuel dans l'ontogenèse, etc. ?
    la perception Comment le cerveau transfère-t-il les informations sensorielles en perceptions cohérentes et privées ? Quelles sont les règles selon lesquelles la perception est organisée ? Quels sont les traits/objets qui constituent notre expérience perceptive des événements internes et externes ? Comment les sens sont-ils intégrés ? Quelle est la relation entre l'expérience subjective et le monde physique ?

    Écologie, évolution et paléontologie Modifier

    Les problèmes non résolus liés aux interactions entre les organismes et à leur répartition dans l'environnement comprennent :

      . La grande diversité du phytoplancton semble violer le principe d'exclusion compétitive.
      . Quelle est la cause de l'apparente diversification rapide de la vie animale multicellulaire autour du début du Cambrien, entraînant l'émergence de presque tous les phylums animaux modernes ?
      . Pourquoi la biodiversité augmente-t-elle en allant des pôles vers l'équateur ?
      de botanique/plantes. Quelle est l'histoire évolutive exacte des fleurs et quelle est la cause de l'apparition apparemment soudaine de fleurs presque modernes dans les archives fossiles ?
    • Absence de fossiles de Loricifera. Il existe au moins 100 espèces de ce phylum d'animaux marins (beaucoup non décrites), mais aucune d'entre elles n'est connue pour être présente dans les archives fossiles.
    • Forme adulte de Facetotecta. La forme adulte de cet animal n'a jamais été rencontrée dans l'eau, et son évolution reste un mystère.
    • Origine des serpents. Les serpents ont-ils évolué à partir de lézards fouisseurs ou de lézards aquatiques ? Il existe des preuves pour les deux hypothèses.
    • Origine des tortues. Les tortues ont-elles évolué à partir des anapsides ou des diapsides ? Il existe des preuves pour les deux hypothèses.
      . Comment classer le biote d'Ediacaran ? Même à quel royaume ils appartiennent n'est pas clair. Pourquoi ont-ils été déplacés de manière si décisive par le biote cambrien ?

    Éthologie Modifier

    Les problèmes non résolus liés au comportement des animaux comprennent :

      . Une explication satisfaisante des mécanismes neurobiologiques qui permettent le homing chez les animaux n'a pas encore été trouvée.
      . La façon dont les troupeaux d'oiseaux et de chauves-souris coordonnent leurs mouvements si rapidement n'est pas entièrement comprise. Ce n'est pas non plus le but de grands troupeaux comme ceux d'étourneaux qui semblent inviter les prédateurs plutôt que de les protéger. [26]
      . Comment les descendants du monarque partout au Canada et aux États-Unis, après avoir migré pendant plusieurs générations, parviennent-ils finalement à retourner dans quelques endroits d'hivernage relativement petits?
      . Il n'y a pas beaucoup de données sur la sexualité du rorqual bleu. [27]
      . On ignore en grande partie comment les guêpes biliaires induisent la formation de galles chez les plantes. Les déclencheurs chimiques, mécaniques et viraux ont été discutés.

    Organes et biomolécules non humains Modifier

    Les problèmes non résolus liés à la structure et à la fonction des organes, processus et biomolécules non humains comprennent :


    Point de vue : Pourquoi la théorie de l'évasion du laboratoire de Wuhan expliquant l'origine de la pandémie mondiale ne va pas disparaître de sitôt

    Institut de virologie de Wuhan. Crédit : Ureem2805/Wikimedia

    Dans ce qui suit, je vais trier les faits scientifiques disponibles, qui contiennent de nombreux indices sur ce qui s'est passé, et fournir aux lecteurs les preuves pour se faire leur propre opinion. J'essaierai ensuite d'évaluer la question complexe du blâme, qui commence avec, mais s'étend bien au-delà, le gouvernement de la Chine.

    À la fin de cet article, vous aurez peut-être beaucoup appris sur la biologie moléculaire des virus. Je vais essayer de garder ce processus aussi indolore que possible. Mais la science ne peut être évitée car pour l'instant, et probablement pour longtemps, elle offre le seul fil conducteur sûr à travers le labyrinthe.

    Le virus qui a causé la pandémie est officiellement connu sous le nom de SARS-CoV-2, mais peut être appelé SARS2 en abrégé. Comme beaucoup de gens le savent, il existe deux théories principales sur son origine. L'une est qu'il est passé naturellement de la faune à l'homme. L'autre est que le virus était à l'étude dans un laboratoire, d'où il s'est échappé. C'est très important, ce qui est le cas si nous espérons éviter qu'un tel événement ne se reproduise.

    Je vais décrire les deux théories, expliquer pourquoi chacune est plausible, puis demander laquelle fournit la meilleure explication des faits disponibles. Il est important de noter que jusqu'à présent, il n'y a aucune preuve directe pour l'une ou l'autre théorie. Chacune dépend d'un ensemble de conjectures raisonnables mais manque jusqu'à présent de preuves. Je n'ai donc que des indices, pas des conclusions, à proposer. Mais ces indices pointent dans une direction spécifique. Et ayant déduit cette direction, je vais délimiter certains des brins de cet écheveau enchevêtré de catastrophe.

    Une histoire de deux théories

    Après le début de la pandémie en décembre 2019, les autorités chinoises ont signalé que de nombreux cas s'étaient produits sur le marché humide – un endroit vendant des animaux sauvages pour la viande – à Wuhan. Cela a rappelé aux experts l'épidémie de SRAS1 de 2002, au cours de laquelle un virus de chauve-souris s'était d'abord propagé aux civettes, un animal vendu sur les marchés humides, et des civettes aux humains. Un virus de chauve-souris similaire a provoqué une deuxième épidémie, connue sous le nom de MERS, en 2012. Cette fois, l'animal hôte intermédiaire était le chameau.

    Le décodage du génome du virus a montré qu'il appartenait à une famille virale connue sous le nom de bêta-coronavirus, à laquelle appartiennent également les virus SARS1 et MERS. La relation soutenait l'idée que, comme eux, il s'agissait d'un virus naturel qui avait réussi à passer des chauves-souris, via un autre animal hôte, aux humains. La connexion avec le marché humide, le principal point de similitude avec les épidémies de SRAS1 et de MERS, a rapidement été rompue : des chercheurs chinois ont trouvé des cas antérieurs à Wuhan sans lien avec le marché humide. Mais cela ne semblait pas avoir d'importance alors que tant de preuves supplémentaires à l'appui de l'émergence naturelle étaient attendues sous peu.

    Dès le début, les perceptions du public et des médias ont été façonnées en faveur du scénario d'émergence naturelle par les déclarations fortes de deux groupes scientifiques. Ces déclarations n'ont pas d'abord été examinées de manière aussi critique qu'elles auraient dû l'être.

    « Nous sommes solidaires pour condamner fermement les théories du complot suggérant que COVID-19 n’a pas d’origine naturelle », ont écrit un groupe de virologues et d’autres dans le Lancet le 19 février 2020, alors qu’il était vraiment beaucoup trop tôt pour que quiconque en soit sûr. ce qui s'était passé. Les scientifiques « concluent à une écrasante majorité que ce coronavirus est originaire de la faune », ont-ils déclaré, avec un appel de ralliement émouvant aux lecteurs de se tenir aux côtés de leurs collègues chinois en première ligne de la lutte contre la maladie.

    Contrairement à l'affirmation des auteurs de la lettre, l'idée que le virus aurait pu s'échapper d'un laboratoire invoquait un accident, pas un complot. Elle avait sûrement besoin d'être explorée, pas rejetée d'emblée. Une caractéristique distinctive des bons scientifiques est qu'ils se donnent beaucoup de mal pour faire la distinction entre ce qu'ils savent et ce qu'ils ne savent pas. Selon ce critère, les signataires de la lettre du Lancet se comportaient comme de pauvres scientifiques : ils assuraient au public des faits dont ils ne pouvaient pas savoir avec certitude.

    Il s'est avéré plus tard que la lettre du Lancet avait été organisée et rédigée par Peter Daszak, président de l'EcoHealth Alliance de New York. L'organisation de Daszak a financé la recherche sur les coronavirus à l'Institut de virologie de Wuhan. Si le virus du SRAS2 s'était effectivement échappé des recherches qu'il a financées, Daszak serait potentiellement coupable. Ce conflit d'intérêts aigu n'a pas été déclaré aux lecteurs du Lancet. Au contraire, la lettre concluait : « Nous ne déclarons aucun intérêt concurrent.

    Peter Daszak, membre de l'équipe de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) enquêtant sur les origines du coronavirus COVID-19, parle sur son téléphone portable au Hilton Wuhan Optics Valley à Wuhan. Crédit : Hector Retamal/AFP/Getty Images

    Des virologues comme Daszak avaient beaucoup à gagner dans l'attribution de la responsabilité de la pandémie. Pendant 20 ans, la plupart du temps sous l'attention du public, ils jouaient un jeu dangereux. Dans leurs laboratoires, ils créaient régulièrement des virus plus dangereux que ceux qui existent dans la nature. Ils ont fait valoir qu'ils pouvaient le faire en toute sécurité et qu'en devançant la nature, ils pouvaient prédire et empêcher les « débordements » naturels, le passage de virus d'un hôte animal à l'homme. Si le SRAS2 s'était effectivement échappé d'une telle expérience en laboratoire, on pouvait s'attendre à un retour de flamme sauvage, et la tempête d'indignation publique affecterait les virologues partout, pas seulement en Chine. "Cela briserait l'édifice scientifique de haut en bas", a déclaré un Examen de la technologie du MIT rédacteur en chef, Antonio Regalado, a déclaré en mars 2020.

    Une deuxième déclaration qui a eu une énorme influence sur l'évolution des attitudes du public était une lettre (en d'autres termes un article d'opinion, pas un article scientifique) publiée le 17 mars 2020 dans la revue Médecine naturelle. Ses auteurs étaient un groupe de virologues dirigé par Kristian G. Andersen du Scripps Research Institute. "Nos analyses montrent clairement que le SRAS-CoV-2 n'est pas une construction de laboratoire ou un virus délibérément manipulé", ont déclaré les cinq virologues dans le deuxième paragraphe de leur lettre.

    Malheureusement, c'était un autre cas de mauvaise science, au sens défini ci-dessus. Certes, certaines méthodes plus anciennes de couper et coller des génomes viraux conservent des signes révélateurs de manipulation. Mais les méthodes plus récentes, appelées approches « no-see-um » ou « sans couture », ne laissent aucune marque déterminante. Ni les autres méthodes de manipulation des virus telles que le passage en série, le transfert répété de virus d'une culture de cellules à une autre. Si un virus a été manipulé, que ce soit avec une méthode transparente ou par passage en série, il n'y a aucun moyen de savoir que c'est le cas. Andersen et ses collègues assuraient leurs lecteurs de quelque chose qu'ils ne pouvaient pas savoir.

    La partie discussion de leur lettre commence : « Il est improbable que le SARS-CoV-2 ait émergé grâce à la manipulation en laboratoire d’un coronavirus apparenté de type SARS-CoV. » Mais attendez, le responsable n'a-t-il pas dit que le virus avait clairement pas été manipulé ? Le degré de certitude des auteurs a semblé glisser de plusieurs crans dans la formulation de leur raisonnement.

    La raison du dérapage est claire une fois le langage technique pénétré. Les deux raisons invoquées par les auteurs pour supposer que la manipulation est improbable sont décidément peu concluantes.

    Premièrement, ils disent que la protéine de pointe du SRAS2 se lie très bien à sa cible, le récepteur ACE2 humain, mais le fait d'une manière différente de celle qui, selon les calculs physiques, serait la meilleure solution. Par conséquent, le virus doit avoir surgi par sélection naturelle, pas par manipulation.

    Si cet argument semble difficile à saisir, c'est parce qu'il est tellement tendu. L'hypothèse de base des auteurs, non énoncée, est que quiconque essaie de lier un virus de chauve-souris à des cellules humaines ne peut le faire que d'une seule manière. Tout d'abord, ils calculeraient l'ajustement le plus fort possible entre le récepteur ACE2 humain et la protéine de pointe avec laquelle le virus s'y accroche. Ils concevraient ensuite la protéine de pointe en conséquence (en sélectionnant la bonne chaîne d'unités d'acides aminés qui la composent). Étant donné que la protéine de pointe SARS2 n'est pas de cette meilleure conception calculée, selon l'article d'Andersen, elle ne peut donc pas avoir été manipulée.

    Mais cela ignore la manière dont les virologues obtiennent en fait des protéines de pointe pour se lier à des cibles choisies, ce qui n'est pas par calcul mais en épissant des gènes de protéines de pointe d'autres virus ou par passage en série. Avec les passages en série, chaque fois que la descendance du virus est transférée dans de nouvelles cultures cellulaires ou de nouveaux animaux, les plus réussies sont sélectionnées jusqu'à ce qu'il en émerge une qui se lie vraiment étroitement aux cellules humaines. La sélection naturelle a fait tout le gros du travail. La spéculation de l'article d'Andersen sur la conception d'une protéine de pointe virale par le calcul n'a aucune incidence sur le fait que le virus a été manipulé ou non par l'une des deux autres méthodes.

    Le deuxième argument des auteurs contre la manipulation est encore plus artificiel. Bien que la plupart des êtres vivants utilisent l'ADN comme matériel héréditaire, un certain nombre de virus utilisent l'ARN, le proche cousin chimique de l'ADN. Mais l'ARN est difficile à manipuler, donc les chercheurs travaillant sur les coronavirus, qui sont basés sur l'ARN, convertiront d'abord le génome de l'ARN en ADN. Ils manipulent la version de l'ADN, que ce soit en ajoutant ou en modifiant des gènes, puis s'arrangent pour que le génome de l'ADN manipulé soit reconverti en ARN infectieux.

    Seul un certain nombre de ces squelettes d'ADN ont été décrits dans la littérature scientifique. Quiconque manipulant le virus du SRAS2 "aurait probablement" utilisé l'une de ces épines dorsales connues, écrit le groupe Andersen, et puisque le SRAS2 n'est dérivé d'aucun d'entre eux, il n'a donc pas été manipulé. Mais l'argument est manifestement peu concluant. Les squelettes d'ADN sont assez faciles à fabriquer, il est donc évidemment possible que le SRAS2 ait été manipulé à l'aide d'un squelette d'ADN non publié.

    Et c'est tout. Ce sont les deux arguments avancés par le groupe Andersen à l'appui de sa déclaration selon laquelle le virus SARS2 n'a clairement pas été manipulé. Et cette conclusion, fondée sur rien d'autre que deux spéculations non concluantes, a convaincu la presse mondiale que le SRAS2 ne pouvait pas s'échapper d'un laboratoire. Une critique technique de la lettre d'Andersen la résume en termes plus durs.

    La science est censée être une communauté d'experts auto-correcteurs qui vérifient constamment le travail des uns et des autres. Alors pourquoi d'autres virologues n'ont-ils pas souligné que l'argument du groupe Andersen était plein de trous absurdement grands ? Peut-être parce que dans les universités d'aujourd'hui, le discours peut être très coûteux. Des carrières peuvent être détruites si vous sortez des sentiers battus. Tout virologue qui conteste le point de vue déclaré de la communauté risque de voir sa prochaine demande de subvention rejetée par le panel de collègues virologues qui conseille l'agence gouvernementale de distribution des subventions.

    Les lettres de Daszak et d'Andersen étaient vraiment des déclarations politiques et non scientifiques, mais elles étaient étonnamment efficaces. Des articles parus dans la presse grand public ont déclaré à plusieurs reprises qu'un consensus d'experts avait déclaré que l'évasion du laboratoire était hors de question ou extrêmement improbable. Leurs auteurs se sont appuyés en grande partie sur les lettres de Daszak et d'Andersen, ne comprenant pas les lacunes béantes de leurs arguments. Les journaux grand public ont tous des journalistes scientifiques dans leur staff, tout comme les grands réseaux, et ces reporters spécialisés sont censés pouvoir interroger les scientifiques et vérifier leurs affirmations. Mais les affirmations de Daszak et Andersen sont restées largement incontestées.

    Des doutes sur l'émergence naturelle. L'émergence naturelle était la théorie préférée des médias jusqu'en février 2021 environ et la visite d'une commission de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) en Chine. La composition et l'accès de la commission étaient fortement contrôlés par les autorités chinoises. Ses membres, dont l'omniprésent Daszak, n'arrêtaient pas d'affirmer avant, pendant et après leur visite que l'évasion du laboratoire était extrêmement improbable. Mais ce n'était pas tout à fait la victoire de la propagande que les autorités chinoises espéraient peut-être. Ce qui est devenu clair, c'est que les Chinois n'avaient aucune preuve à offrir à la commission à l'appui de la théorie de l'émergence naturelle.

    C'était surprenant car les virus SARS1 et MERS avaient laissé des traces abondantes dans l'environnement. L'espèce hôte intermédiaire du SRAS1 a été identifiée dans les quatre mois suivant le début de l'épidémie, et l'hôte du MERS dans les neuf mois. Pourtant, quelque 15 mois après le début de la pandémie du SRAS2, et après une recherche vraisemblablement intensive, les chercheurs chinois n'avaient réussi à trouver ni la population de chauves-souris d'origine, ni l'espèce intermédiaire vers laquelle le SRAS2 aurait pu sauter, ni aucune preuve sérologique que toute population chinoise, y compris celui de Wuhan, n'avait jamais été exposé au virus avant décembre 2019. L'émergence naturelle restait une conjecture qui, bien que plausible au départ, n'avait obtenu aucune preuve à l'appui en plus d'un an.

    Et tant que cela reste le cas, il est logique de prêter une attention sérieuse à la conjecture alternative, selon laquelle le SRAS2 s'est échappé d'un laboratoire.

    Pourquoi quelqu'un voudrait-il créer un nouveau virus capable de provoquer une pandémie ? Depuis que les virologues ont acquis les outils nécessaires pour manipuler les gènes d'un virus, ils ont fait valoir qu'ils pourraient devancer une pandémie potentielle en explorant à quel point un virus animal donné pourrait être proche de faire le saut vers l'homme. Et cela justifiait les expériences de laboratoire pour améliorer la capacité des virus animaux dangereux à infecter les humains, ont affirmé les virologues.

    Avec cette justification, ils ont recréé le virus de la grippe de 1918, montré comment le virus de la polio presque éteint peut être synthétisé à partir de sa séquence d'ADN publiée et ont introduit un gène de la variole dans un virus apparenté.

    Ces améliorations des capacités virales sont connues sous le nom d'expériences de gain de fonction. Avec les coronavirus, il y avait un intérêt particulier pour les protéines de pointe, qui font saillie tout autour de la surface sphérique du virus et déterminent à peu près quelle espèce d'animal il ciblera. En 2000, des chercheurs néerlandais, par exemple, ont gagné la gratitude des rongeurs du monde entier en manipulant génétiquement la protéine de pointe d'un coronavirus de souris afin qu'il n'attaque que les chats.

    Les protéines de pointe à la surface du coronavirus déterminent quel animal il peut infecter. Crédit : CDC

    Les virologues ont commencé à étudier sérieusement les coronavirus de chauve-souris après qu'ils se soient avérés être la source des épidémies de SRAS1 et de MERS. En particulier, les chercheurs voulaient comprendre quels changements devaient se produire dans les protéines de pointe d'un virus de chauve-souris avant qu'il ne puisse infecter les humains.

    Des chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan, dirigés par le principal expert chinois des virus des chauves-souris, Shi Zheng-li ou "Bat Lady", ont organisé de fréquentes expéditions dans les grottes infestées de chauves-souris du Yunnan dans le sud de la Chine et ont collecté une centaine de coronavirus de chauve-souris différents.

    Shi a ensuite fait équipe avec Ralph S. Baric, un éminent chercheur sur les coronavirus à l'Université de Caroline du Nord. Leurs travaux se sont concentrés sur l'amélioration de la capacité des virus des chauves-souris à attaquer les humains afin « d'examiner le potentiel d'émergence (c'est-à-dire le potentiel d'infecter les humains) des CoV de chauves-souris en circulation [coronavirus] ». Dans la poursuite de cet objectif, en novembre 2015, ils ont créé un nouveau virus en prenant l'épine dorsale du virus SARS1 et en remplaçant sa protéine de pointe par celle d'un virus de chauve-souris (connu sous le nom de SHC014-CoV). Ce virus fabriqué était capable d'infecter les cellules des voies respiratoires humaines, du moins lorsqu'il était testé contre une culture de laboratoire de ces cellules.

    Le virus SHC014-CoV/SARS1 est connu comme une chimère car son génome contient du matériel génétique provenant de deux souches de virus. Si le virus SARS2 avait été concocté dans le laboratoire de Shi, alors son prototype direct aurait été la chimère SHC014-CoV/SARS1, dont le danger potentiel a préoccupé de nombreux observateurs et suscité d'intenses discussions.

    "Si le virus s'échappait, personne ne pourrait prédire la trajectoire", a déclaré Simon Wain-Hobson, virologue à l'Institut Pasteur de Paris.

    Baric et Shi ont évoqué les risques évidents dans leur document, mais ont fait valoir qu'ils devraient être mis en balance avec l'avantage de préfigurer de futures retombées. Les comités d'examen scientifique, écrivent-ils, "peuvent considérer que des études similaires construisant des virus chimériques basés sur des souches en circulation sont trop risquées pour être poursuivies". Compte tenu des diverses restrictions imposées à la recherche sur le gain de fonction (GOF), les choses étaient arrivées à leur avis à «un carrefour de la recherche GOF, le potentiel de préparation et d'atténuation de futures épidémies doit être mis en balance avec le risque de créer des agents pathogènes plus dangereux. Lors de l'élaboration de politiques à l'avenir, il est important de considérer la valeur des données générées par ces études et si ces types d'études de virus chimériques justifient une enquête plus approfondie par rapport aux risques inhérents impliqués. »

    Cette déclaration a été faite en 2015. Avec le recul de 2021, on peut dire que la valeur des études de gain de fonction dans la prévention de l'épidémie de SRAS2 était nulle. Le risque était catastrophique, si effectivement le virus SARS2 était généré dans une expérience de gain de fonction.

    À l'intérieur de l'Institut de virologie de Wuhan. Baric avait développé et enseigné à Shi une méthode générale pour concevoir des coronavirus de chauve-souris afin d'attaquer d'autres espèces. Les cibles spécifiques étaient des cellules humaines cultivées en cultures et des souris humanisées. Ces souris de laboratoire, un substitut bon marché et éthique pour les sujets humains, sont génétiquement modifiées pour transporter la version humaine d'une protéine appelée ACE2 qui parsème la surface des cellules qui tapissent les voies respiratoires.

    Shi est retournée dans son laboratoire de l'Institut de virologie de Wuhan et a repris les travaux qu'elle avait commencés sur le génie génétique des coronavirus pour attaquer les cellules humaines. Comment pouvons-nous être si sûrs ?

    Une photo du 20 mai 2020 de l'Institut de virologie de Wuhan à Wuhan, où des recherches sur les coronavirus de chauve-souris ont été menées. Crédit : Kyodo News/Getty Images

    Parce que, par une étrange tournure de l'histoire, son travail a été financé par le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), qui fait partie des National Institutes of Health (NIH) des États-Unis. Et les propositions de subventions qui ont financé son travail, qui sont de notoriété publique, précisent exactement ce qu'elle prévoyait de faire avec l'argent.

    Les subventions ont été attribuées au maître d'œuvre, Daszak de l'EcoHealth Alliance, qui les a sous-traitées à Shi. Voici des extraits des subventions pour les exercices 2018 et 2019. (« CoV » signifie coronavirus et « protéine S » fait référence à la protéine de pointe du virus.)

    « Testez les prédictions de la transmission inter-espèces du CoV. Des modèles prédictifs de la gamme d'hôtes (c.

    « Nous utiliserons les données de séquences de protéines S, la technologie des clones infectieux, des expériences d'infection in vitro et in vivo et l'analyse de la liaison aux récepteurs pour tester l'hypothèse selon laquelle les seuils de divergence en % dans les séquences de protéines S prédisent le potentiel de débordement. »

    Ce que cela signifie, dans un langage non technique, c'est que Shi a entrepris de créer de nouveaux coronavirus avec l'infectivité la plus élevée possible pour les cellules humaines. Son plan était de prendre des gènes codant pour des protéines de pointe possédant une variété d'affinités mesurées pour les cellules humaines, allant de haute à faible. Elle insérerait ces gènes de pointe un par un dans l'épine dorsale d'un certain nombre de génomes viraux (« génétique inverse » et « technologie des clones infectieux »), créant ainsi une série de virus chimériques. Ces virus chimériques seraient ensuite testés pour leur capacité à attaquer des cultures cellulaires humaines (« in vitro ») et des souris humanisées (« in vivo »). Et ces informations aideraient à prédire la probabilité d'un « débordement », le saut d'un coronavirus des chauves-souris aux humains.

    L'approche méthodique a été conçue pour trouver la meilleure combinaison de squelette de coronavirus et de protéine de pointe pour infecter les cellules humaines. L'approche aurait pu générer des virus de type SARS2, et pourrait même avoir créé le virus SARS2 lui-même avec la bonne combinaison de squelette viral et de protéine de pointe.

    On ne peut pas encore affirmer que Shi a généré ou non le SRAS2 dans son laboratoire parce que ses dossiers ont été scellés, mais il semble qu'elle était certainement sur la bonne voie pour l'avoir fait. "Il est clair que l'Institut de virologie de Wuhan construisait systématiquement de nouveaux coronavirus chimériques et évaluait leur capacité à infecter des cellules humaines et des souris exprimant l'ACE2 humain", explique Richard H. Ebright, biologiste moléculaire à l'Université Rutgers et grand expert en biosécurité.

    "Il est également clair", a déclaré Ebright, "que, selon les contextes génomiques constants choisis pour l'analyse, ce travail aurait pu produire le SARS-CoV-2 ou un ancêtre proximal du SARS-CoV-2." Le « contexte génomique » fait référence au squelette viral particulier utilisé comme banc d'essai pour la protéine de pointe.

    Le scénario d'évasion du laboratoire pour l'origine du virus SRAS2, comme cela devrait maintenant être évident, n'est pas un simple signe de main en direction de l'Institut de virologie de Wuhan. Il s'agit d'une proposition détaillée, basée sur le projet spécifique qui y est financé par le NIAID.

    Même si la subvention nécessitait le plan de travail décrit ci-dessus, comment pouvons-nous être sûrs que le plan a bien été exécuté ? Pour cela, nous pouvons nous fier à la parole de Daszak, qui a beaucoup protesté ces 15 derniers mois contre le fait que l'évasion du laboratoire était une théorie du complot ridicule inventée par des détracteurs de la Chine.

    Le 9 décembre 2019, avant que le déclenchement de la pandémie ne soit généralement connu, Daszak a donné une interview dans laquelle il a expliqué en termes élogieux comment les chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan avaient reprogrammé la protéine de pointe et généré des coronavirus chimériques capables d'infecter des humains humanisés. souris.

    "Et nous avons maintenant trouvé, vous savez, après 6 ou 7 ans de travail, plus de 100 nouveaux coronavirus liés au SRAS, très proches du SRAS", a déclaré Daszak vers la 28e minute de l'entretien. «Certains d'entre eux pénètrent dans les cellules humaines en laboratoire, certains d'entre eux peuvent provoquer la maladie du SRAS chez des modèles de souris humanisés et sont incurables avec des monoclonaux thérapeutiques et vous ne pouvez pas les vacciner contre eux avec un vaccin. Voilà donc un danger clair et présent :

    Interviewer : Vous dites qu'il s'agit de divers coronavirus et que vous ne pouvez pas vacciner contre eux, et pas d'antiviraux – alors que faisons-nous ?

    Daszak : Eh bien, je pense que… les coronavirus – vous pouvez les manipuler assez facilement en laboratoire. La protéine de pointe est à l'origine de beaucoup de ce qui se passe avec le coronavirus, en matière de risque zoonotique. Vous pouvez donc obtenir la séquence, vous pouvez construire la protéine, et nous travaillons beaucoup avec Ralph Baric à l'UNC pour le faire. Insérez-le dans l'épine dorsale d'un autre virus et travaillez en laboratoire. Ainsi, vous pouvez être plus prédictif lorsque vous trouvez une séquence. Vous avez cette diversité. Maintenant, la progression logique pour les vaccins est que si vous développez un vaccin contre le SRAS, les gens vont utiliser le SRAS pandémique, mais insérons certaines de ces autres choses et obtenons un meilleur vaccin.

    Les insertions auxquelles il a fait référence comprenaient peut-être un élément appelé site de clivage de la furine, discuté ci-dessous, qui augmente considérablement l'infectiosité virale pour les cellules humaines.

    Dans un style décousu, Daszak fait référence au fait qu'une fois que vous avez généré un nouveau coronavirus capable d'attaquer les cellules humaines, vous pouvez prendre la protéine de pointe et en faire la base d'un vaccin.

    On ne peut qu'imaginer la réaction de Daszak lorsqu'il a entendu parler du déclenchement de l'épidémie à Wuhan quelques jours plus tard. Il aurait connu mieux que quiconque l'objectif de l'Institut de Wuhan de rendre les coronavirus de chauve-souris infectieux pour l'homme, ainsi que les faiblesses de la défense de l'institut contre l'infection de leurs propres chercheurs.

    Mais au lieu de fournir aux autorités de santé publique les nombreuses informations à sa disposition, il a immédiatement lancé une campagne de relations publiques pour persuader le monde que l'épidémie ne pouvait pas être causée par l'un des virus gonflés de l'institut. « L'idée que ce virus s'est échappé d'un laboratoire n'est qu'une pure bêtise. Ce n'est tout simplement pas vrai », a-t-il déclaré dans une interview en avril 2020.

    Les dispositions de sécurité à l'Institut de virologie de Wuhan. Daszak n'était peut-être pas au courant, ou peut-être ne connaissait-il que trop bien, la longue histoire des virus s'échappant même des laboratoires les mieux gérés. Le virus de la variole s'est échappé trois fois de laboratoires en Angleterre dans les années 1960 et 1970, causant 80 cas et 3 décès. Depuis, des virus dangereux se sont échappés des laboratoires presque chaque année. Venant à des temps plus récents, le virus SARS1 s'est avéré un véritable artiste de l'évasion, fuyant des laboratoires de Singapour, de Taïwan et pas moins de quatre fois de l'Institut national chinois de virologie à Pékin.

    L'une des raisons pour lesquelles le SRAS1 est si difficile à gérer est qu'il n'y avait pas de vaccins disponibles pour protéger les travailleurs de laboratoire. Comme Daszak l'a mentionné dans l'interview du 19 décembre citée ci-dessus, les chercheurs de Wuhan n'avaient pas non plus été en mesure de développer des vaccins contre les coronavirus qu'ils avaient conçus pour infecter les cellules humaines. Ils auraient été aussi sans défense contre le virus SARS2, s'il avait été généré dans leur laboratoire, que leurs collègues de Pékin l'étaient contre SARS1.

    Une deuxième raison du grave danger des nouveaux coronavirus est liée aux niveaux requis de sécurité en laboratoire. Il existe quatre degrés de sécurité, désignés BSL1 à BSL4, BSL4 étant le plus restrictif et conçu pour les agents pathogènes mortels comme le virus Ebola.

    L'Institut de virologie de Wuhan disposait d'un nouveau laboratoire BSL4, mais son état de préparation a considérablement alarmé les inspecteurs du département d'État qui l'ont visité depuis l'ambassade de Pékin en 2018. ce laboratoire à haut confinement », ont écrit les inspecteurs dans un câble du 19 janvier 2018.

    Le vrai problème, cependant, n'était pas l'état dangereux du laboratoire de Wuhan BSL4, mais le fait que les virologues du monde entier n'aiment pas travailler dans des conditions BSL4. Il faut porter une combinaison spatiale, faire des opérations dans des armoires fermées, et accepter que tout soit deux fois plus long.Ainsi, les règles affectant chaque type de virus à un niveau de sécurité donné étaient plus laxistes que certains pourraient penser qu'il était prudent.

    Avant 2020, les règles suivies par les virologues en Chine et ailleurs exigeaient que les expérimentations avec les virus SARS1 et MERS soient menées dans des conditions BSL3. Mais tous les autres coronavirus de chauve-souris pourraient être étudiés dans BSL2, le niveau inférieur. BSL2 nécessite de prendre des précautions de sécurité assez minimes, telles que le port de blouses et de gants de laboratoire, de ne pas aspirer de liquides dans une pipette et de mettre en place des panneaux d'avertissement de danger biologique. Pourtant, une expérience de gain de fonction menée dans BSL2 pourrait produire un agent plus infectieux que le SRAS1 ou le MERS. Et si c'était le cas, les travailleurs de laboratoire auraient un risque élevé d'infection, surtout s'ils ne sont pas vaccinés.

    Une grande partie du travail de Shi sur le gain de fonction dans les coronavirus a été réalisée au niveau de sécurité BSL2, comme indiqué dans ses publications et autres documents. Elle a dit dans une interview avec Science magazine que « [l]a recherche sur les coronavirus dans notre laboratoire est menée dans les laboratoires BSL-2 ou BSL-3. »

    Shi Zheng-li.

    "Il est clair qu'une partie ou la totalité de ce travail était effectuée en utilisant une norme de biosécurité - le niveau de biosécurité 2, le niveau de biosécurité d'un cabinet de dentiste américain standard - qui poserait un risque inacceptablement élevé d'infection du personnel de laboratoire en cas de contact avec un virus ayant les propriétés de transmission du SARS-CoV-2 », explique Ebright.

    « Il est également clair, ajoute-t-il, que ce travail n'aurait jamais dû être financé et n'aurait jamais dû être exécuté.

    C'est une opinion qu'il défend, que le virus du SRAS2 ait ou non jamais vu l'intérieur d'un laboratoire.

    Les inquiétudes concernant les conditions de sécurité au laboratoire de Wuhan n'étaient pas, semble-t-il, déplacées. Selon une fiche d'information publiée par le département d'État le 15 janvier 2021, « le gouvernement américain a des raisons de croire que plusieurs chercheurs au sein du WIV sont tombés malades à l'automne 2019, avant le premier cas identifié de l'épidémie, avec des symptômes compatibles avec les deux. COVID-19 et maladies saisonnières courantes. »

    David Asher, membre du Hudson Institute et ancien consultant du Département d'État, a fourni plus de détails sur l'incident lors d'un séminaire. La connaissance de l'incident provenait d'un mélange d'informations publiques et de « certaines informations haut de gamme collectées par notre communauté du renseignement », a-t-il déclaré. Trois personnes travaillant dans un laboratoire BSL3 de l'institut sont tombées malades à moins d'une semaine d'intervalle avec des symptômes graves qui ont nécessité une hospitalisation. Il s’agissait du « premier groupe connu dont nous ayons connaissance, de victimes de ce que nous pensons être le COVID-19 ». La grippe ne peut pas être complètement exclue mais semble peu probable dans les circonstances, a-t-il déclaré.

    Comparaison des scénarios rivaux d'origine du SRAS2. Les preuves ci-dessus s'ajoutent à un cas grave selon lequel le virus du SRAS2 aurait pu être créé dans un laboratoire, d'où il s'est ensuite échappé. Mais l'affaire, aussi substantielle soit-elle, est loin d'être prouvée. La preuve consisterait en des preuves de l'Institut de virologie de Wuhan, ou de laboratoires connexes à Wuhan, que le SRAS2 ou un virus prédécesseur y était en cours de développement. Faute d'accès à de tels enregistrements, une autre approche consiste à prendre certains faits saillants sur le virus du SRAS2 et à se demander dans quelle mesure chacun s'explique par les deux scénarios d'origine rivaux, ceux de l'émergence naturelle et de l'évasion en laboratoire. Voici quatre tests des deux hypothèses. Un couple a quelques détails techniques, mais ceux-ci sont parmi les plus convaincants pour ceux qui voudraient suivre l'argument.

    1) Le lieu d'origine

    Commencez par la géographie. Les deux plus proches parents connus du virus SARS2 ont été collectés sur des chauves-souris vivant dans des grottes du Yunnan, une province du sud de la Chine. Si le virus du SRAS2 avait d'abord infecté des personnes vivant autour des grottes du Yunnan, cela soutiendrait fortement l'idée que le virus s'était propagé naturellement aux gens. Mais ce n'est pas ce qui s'est passé. La pandémie a éclaté à 1 500 kilomètres de là, à Wuhan.

    Les bêta-coronavirus, la famille des virus des chauves-souris à laquelle appartient le SRAS2, infectent le rhinolophe Rhinolophe affinis, qui s'étend à travers le sud de la Chine. La portée des chauves-souris est de 50 kilomètres, il est donc peu probable qu'elles se soient rendues à Wuhan. Dans tous les cas, les premiers cas de pandémie de COVID-19 se sont probablement produits en septembre, lorsque les températures dans la province du Hubei sont déjà suffisamment froides pour envoyer les chauves-souris en hibernation.

    Chauves-souris en hibernation. Crédit : Anita Glover

    Et si les virus des chauves-souris infectaient d'abord un hôte intermédiaire ? Vous auriez besoin d'une population de chauves-souris de longue date à proximité fréquente d'un hôte intermédiaire, qui à son tour doit souvent croiser des humains. Tous ces échanges de virus doivent avoir lieu quelque part en dehors de Wuhan, une métropole animée qui, pour autant que l'on sache, n'est pas un habitat naturel de Rhinolophe colonies de chauves-souris. La personne infectée (ou l'animal) porteur de ce virus hautement transmissible doit avoir voyagé à Wuhan sans infecter personne d'autre. Personne dans sa famille n'est tombé malade. Si la personne a sauté dans un train pour Wuhan, aucun autre passager n'est tombé malade.

    C'est exagéré, en d'autres termes, de faire éclater la pandémie naturellement en dehors de Wuhan puis, sans laisser de trace, d'y faire sa première apparition.

    Pour le scénario d'évasion du laboratoire, une origine de Wuhan pour le virus est une évidence. Wuhan abrite le principal centre de recherche sur les coronavirus en Chine où, comme indiqué ci-dessus, les chercheurs manipulaient génétiquement des coronavirus de chauve-souris pour attaquer les cellules humaines. Ils le faisaient dans les conditions de sécurité minimales d'un laboratoire BSL2. Si un virus doté de l'infectiosité inattendue du SRAS2 y avait été généré, son évasion ne serait pas une surprise.

    2) Histoire naturelle et évolution

    La localisation initiale de la pandémie est une petite partie d'un problème plus vaste, celui de son histoire naturelle. Les virus ne font pas que des sauts ponctuels d'une espèce à une autre. La protéine de pointe du coronavirus, adaptée pour attaquer les cellules de chauve-souris, a besoin de sauts répétés vers une autre espèce, dont la plupart échouent, avant de gagner une mutation chanceuse. La mutation - un changement dans l'une de ses unités d'ARN - entraîne l'incorporation d'une unité d'acides aminés différente dans sa protéine de pointe et rend la protéine de pointe plus apte à attaquer les cellules de certaines autres espèces.

    Grâce à plusieurs autres ajustements induits par les mutations, le virus s'adapte à son nouvel hôte, disons un animal avec lequel les chauves-souris sont en contact fréquent. L'ensemble du processus reprend ensuite à mesure que le virus se déplace de cet hôte intermédiaire vers l'homme.

    Dans le cas du SRAS1, les chercheurs ont documenté les changements successifs de sa protéine de pointe au fur et à mesure que le virus évoluait progressivement en un agent pathogène dangereux. Après qu'il soit passé des chauves-souris aux civettes, il y a eu six autres changements dans sa protéine de pointe avant qu'elle ne devienne un agent pathogène léger chez l'homme. Après 14 autres changements, le virus était beaucoup mieux adapté à l'homme, et avec quatre autres changements, l'épidémie a décollé.

    Mais lorsque vous recherchez les empreintes d'une transition similaire dans le SRAS2, une étrange surprise vous attend. Le virus n'a pratiquement pas changé, du moins jusqu'à récemment. Dès sa première apparition, il était bien adapté aux cellules humaines. Des chercheurs dirigés par Alina Chan du Broad Institute ont comparé le SRAS2 au SRAS1 au stade avancé, qui était alors bien adapté aux cellules humaines, et ont découvert que les deux virus étaient également bien adaptés. « Au moment où le SRAS-CoV-2 a été détecté pour la première fois fin 2019, il était déjà pré-adapté à la transmission humaine dans une mesure similaire à l'épidémie tardive du SRAS-CoV », ont-ils écrit.

    Même ceux qui pensent que l'origine du laboratoire est peu probable conviennent que les génomes du SRAS2 sont remarquablement uniformes. Baric écrit que « les premières souches identifiées à Wuhan, en Chine, présentaient une diversité génétique limitée, ce qui suggère que le virus peut avoir été introduit à partir d'une seule source ».

    Une source unique serait bien sûr compatible avec l'évasion en laboratoire, moins avec la variation et la sélection massives qui sont la façon de faire des affaires de l'évolution.

    La structure uniforme des génomes du SRAS2 ne laisse présager aucun passage à travers un hôte animal intermédiaire, et aucun hôte de ce type n'a été identifié dans la nature.

    Les partisans de l'émergence naturelle suggèrent que le SRAS2 a incubé dans une population humaine encore introuvable avant d'acquérir ses propriétés particulières. Ou qu'il a sauté sur un animal hôte en dehors de la Chine.

    Toutes ces conjectures sont possibles, mais tendues. Les partisans d'une fuite de laboratoire ont une explication plus simple. Le SRAS2 a été adapté aux cellules humaines dès le départ car il a été cultivé sur des souris humanisées ou dans des cultures de laboratoire de cellules humaines, comme décrit dans la proposition de subvention de Daszak. Son génome montre peu de diversité car la caractéristique des cultures de laboratoire est l'uniformité.

    Les partisans de l'évasion en laboratoire plaisantent en disant que le virus du SRAS2 a bien sûr infecté une espèce hôte intermédiaire avant de se propager à l'homme, et qu'ils l'ont identifiée – une souris humanisée de l'Institut de virologie de Wuhan.

    3) Le site de clivage de la furine

    Le site de clivage de la furine est une infime partie de l'anatomie du virus, mais qui exerce une grande influence sur son infectivité. Il se trouve au milieu de la protéine de pointe SARS2. Il est également au cœur du puzzle de l'origine du virus.

    Crédit : SciTechDaily

    La protéine de pointe a deux sous-unités avec des rôles différents. Le premier, appelé S1, reconnaît la cible du virus, une protéine appelée enzyme de conversion de l'angiotensine-2 (ou ACE2) qui parsème la surface des cellules tapissant les voies respiratoires humaines. Le second, S2, aide le virus, une fois ancré à la cellule, à fusionner avec la membrane cellulaire. Une fois que la membrane externe du virus a fusionné avec celle de la cellule touchée, le génome viral est injecté dans la cellule, détourne sa machinerie de fabrication de protéines et la force à générer de nouveaux virus.

    Mais cette invasion ne peut commencer tant que les sous-unités S1 et S2 n'ont pas été séparées. Et là, juste à la jonction S1/S2, se trouve le site de clivage de la furine qui garantit que la protéine de pointe sera clivée exactement au bon endroit.

    Le virus, modèle de conception économique, ne porte pas son propre couperet. Il s'appuie sur la cellule pour effectuer le clivage. Les cellules humaines ont un outil de coupe de protéines à leur surface appelé furine. Furin coupera toute chaîne protéique qui porte son site de coupe cible. Il s'agit de la séquence d'unités d'acides aminés proline-arginine-arginine-alanine, ou PRRA dans le code qui fait référence à chaque acide aminé par une lettre de l'alphabet. PRRA est la séquence d'acides aminés au cœur du site de clivage de la furine du SRAS2.

    Les virus ont toutes sortes d'astuces astucieuses, alors pourquoi le site de clivage de la furine se démarque-t-il ? En raison de tous les bêta-coronavirus connus liés au SRAS, seul le SRAS2 possède un site de clivage de la furine. Tous les autres virus ont leur unité S2 clivée à un site différent et par un mécanisme différent.

    Comment alors le SRAS2 a-t-il acquis son site de clivage de la furine ? Soit le site a évolué naturellement, soit il a été inséré par des chercheurs à la jonction S1/S2 dans une expérience de gain de fonction.

    Considérez d'abord l'origine naturelle. Les virus évoluent par mutation et par recombinaison. La mutation est le processus de changement aléatoire de l'ADN (ou de l'ARN pour les coronavirus) qui entraîne généralement le remplacement d'un acide aminé d'une chaîne protéique par un autre. Beaucoup de ces changements nuisent au virus, mais la sélection naturelle en conserve quelques-uns qui font quelque chose d'utile. La mutation est le processus par lequel la protéine de pointe SARS1 a progressivement fait passer ses cellules cibles préférées de celles des chauves-souris aux civettes, puis aux humains.

    La mutation semble un moyen moins probable pour la génération du site de clivage de la furine du SRAS2, même si cela ne peut pas être complètement exclu. Les quatre unités d'acides aminés du site sont toutes ensemble, et toutes au bon endroit dans la jonction S1/S2. La mutation est un processus aléatoire déclenché par des erreurs de copie (lorsque de nouveaux génomes viraux sont générés) ou par la désintégration chimique d'unités génomiques. Ainsi, il affecte généralement des acides aminés uniques à différents endroits d'une chaîne protéique. Une chaîne d'acides aminés comme celle du site de clivage de la furine est beaucoup plus susceptible d'être acquise ensemble par un processus tout à fait différent connu sous le nom de recombinaison.

    La recombinaison est un échange accidentel de matériel génomique qui se produit lorsque deux virus envahissent la même cellule et que leur descendance est assemblée avec des morceaux d'ARN appartenant à l'autre. Les bêta-coronavirus ne se combineront qu'avec d'autres bêta-coronavirus mais peuvent acquérir, par recombinaison, presque n'importe quel élément génétique présent dans le pool génomique collectif. Ce qu'ils ne peuvent pas acquérir, c'est un élément que le pool ne possède pas. Et aucun bêta-coronavirus connu lié au SRAS, la classe à laquelle appartient le SRAS2, ne possède de site de clivage de la furine.

    Les partisans de l'émergence naturelle affirment que le SRAS2 aurait pu récupérer le site d'un bêta-coronavirus encore inconnu. Mais les bêta-coronavirus liés au SRAS des chauves-souris n'ont évidemment pas besoin d'un site de clivage de la furine pour infecter les cellules de chauve-souris, il n'y a donc pas de grande probabilité qu'un seul en possède un, et en effet aucun n'a été trouvé jusqu'à présent.

    L'argument suivant des partisans est que le SRAS2 a acquis son site de clivage de la furine auprès de personnes. Un prédécesseur du SRAS2 aurait pu circuler dans la population humaine pendant des mois ou des années jusqu'à ce qu'à un moment donné, il acquière un site de clivage de la furine à partir de cellules humaines. Il aurait alors été prêt à éclater en pandémie.

    Si c'est ce qui s'est passé, il devrait y avoir des traces dans les dossiers de surveillance hospitalière des personnes infectées par le virus à évolution lente. Mais aucun n'a encore été révélé. Selon le rapport de l'OMS sur les origines du virus, les hôpitaux sentinelles de la province du Hubei, siège de Wuhan, surveillent régulièrement les maladies de type grippal et « aucune preuve suggérant une transmission substantielle du SARSCoV-2 au cours des mois précédant l'épidémie de décembre n'a été observée. . "

    Il est donc difficile d'expliquer comment le virus du SRAS2 a capté son site de clivage de la furine naturellement, que ce soit par mutation ou par recombinaison.

    Cela laisse une expérience de gain de fonction. Pour ceux qui pensent que le SRAS2 s'est peut-être échappé d'un laboratoire, expliquer le site de clivage de la furine ne pose aucun problème. "Depuis 1992, la communauté de la virologie sait que le seul moyen sûr de rendre un virus plus mortel est de lui donner un site de clivage de la furine à la jonction S1/S2 en laboratoire", écrit Steven Quay, un entrepreneur en biotechnologie intéressé par les origines du SRAS2. . « Au moins 11 expériences de gain de fonction, ajoutant un site de furine pour rendre un virus plus infectieux, sont publiées dans la littérature ouverte, y compris [par] le Dr Zhengli Shi, responsable de la recherche sur les coronavirus à l'Institut de virologie de Wuhan. »

    4) Une question de codons

    Il y a un autre aspect du site de clivage de la furine qui rétrécit encore plus le chemin vers une origine d'émergence naturelle.

    Comme tout le monde le sait (ou peut au moins s'en souvenir depuis le lycée), le code génétique utilise trois unités d'ADN pour spécifier chaque unité d'acide aminé d'une chaîne protéique. Lorsqu'elles sont lues en groupes de 3, les 4 types différents d'unités d'ADN peuvent spécifier 4 x 4 x 4 ou 64 triplets différents, ou codons comme on les appelle. Puisqu'il n'y a que 20 types d'acides aminés, il y a plus qu'assez de codons pour tout le monde, permettant à certains acides aminés d'être spécifiés par plus d'un codon. L'acide aminé arginine, par exemple, peut être désigné par l'un des six codons CGU, CGC, CGA, CGG, AGA ou AGG, où A, U, G et C représentent les quatre types différents d'unité dans l'ARN.

    C'est là que ça devient intéressant. Différents organismes ont des préférences de codons différentes. Les cellules humaines aiment désigner l'arginine par les codons CGT, CGC ou CGG. Mais CGG est le codon le moins populaire du coronavirus pour l'arginine. Gardez cela à l'esprit lorsque vous regardez comment les acides aminés du site de clivage de la furine sont codés dans le génome du SRAS2.

    Maintenant, la raison fonctionnelle pour laquelle le SRAS2 a un site de clivage de la furine, et ses virus cousins ​​n'en ont pas, peut être vue en alignant (dans un ordinateur) la chaîne de près de 30 000 nucléotides de son génome avec celles de ses cousins ​​coronavirus, dont le le plus proche connu à ce jour est celui appelé RaTG13. Comparé à RaTG13, le SARS2 a un insert de 12 nucléotides juste à la jonction S1/S2. L'insert est la séquence T-CCT-CGG-CGG-GC. Le CCT code pour la proline, les deux CGG pour deux arginines, et le GC est le début d'un codon GCA qui code pour l'alanine.

    Cet insert présente plusieurs caractéristiques curieuses, mais la plus étrange est celle des deux codons CGG côte à côte. Seuls 5% des codons d'arginine du SRAS2 sont CGG, et le double codon CGG-CGG n'a été trouvé dans aucun autre bêta-coronavirus. Alors, comment le SRAS2 a-t-il acquis une paire de codons d'arginine qui sont favorisés par les cellules humaines mais pas par les coronavirus ?

    Les partisans de l'émergence naturelle ont une tâche ardue pour expliquer toutes les caractéristiques du site de clivage de la furine du SRAS2. Ils doivent postuler un événement de recombinaison en un site du génome du virus où les recombinaisons sont rares, et l'insertion d'une séquence de 12 nucléotides avec un double codon arginine inconnu du répertoire des bêta-coronavirus, au seul site du génome qui augmenter considérablement l'infectiosité du virus.

    "Oui, mais votre formulation rend cela improbable - les virus sont des spécialistes des événements inhabituels", est la riposte de David L. Robertson, virologue à l'Université de Glasgow qui considère l'évasion de laboratoire comme une théorie du complot. "La recombinaison est naturellement très, très fréquente dans ces virus, il y a des points d'arrêt de recombinaison dans la protéine de pointe et ces codons semblent inhabituels exactement parce que nous n'avons pas suffisamment échantillonné."

    Robertson a raison de dire que l'évolution produit toujours des résultats qui peuvent sembler improbables mais qui en fait ne le sont pas. Les virus peuvent générer un nombre incalculable de variantes, mais nous ne voyons que le milliard que la sélection naturelle choisit pour survivre. Mais cet argument pourrait être poussé trop loin. Par exemple, tout résultat d'une expérience de gain de fonction pourrait être expliqué comme un résultat auquel l'évolution serait arrivée à temps. Et le jeu des nombres peut être joué dans l'autre sens. Pour que le site de clivage de la furine apparaisse naturellement dans le SRAS2, une chaîne d'événements doit se produire, dont chacun est assez improbable pour les raisons indiquées ci-dessus. Il est peu probable qu'une longue chaîne avec plusieurs étapes improbables soit achevée.

    Pour le scénario d'évasion du laboratoire, le double codon CGG n'est pas une surprise. Le codon préféré par l'homme est couramment utilisé dans les laboratoires. Ainsi, toute personne souhaitant insérer un site de clivage de la furine dans le génome du virus synthétiserait la séquence de fabrication de PRRA en laboratoire et utiliserait probablement les codons CGG pour le faire.

    "Quand j'ai vu pour la première fois le site de clivage de la furine dans la séquence virale, avec ses codons d'arginine, j'ai dit à ma femme que c'était le pistolet fumant pour l'origine du virus", a déclaré David Baltimore, un éminent virologue et ancien président de CalTech. "Ces caractéristiques constituent un défi puissant à l'idée d'une origine naturelle du SRAS2", a-t-il déclaré. [1]

    Un troisième scénario d'origine

    Il existe une variante du scénario d'émergence naturelle qui mérite d'être considérée. C'est l'idée que le SARS2 est passé directement des chauves-souris aux humains, sans passer par un hôte intermédiaire comme l'ont fait le SARS1 et le MERS. Un avocat de premier plan est le virologue David Robertson qui note que le SRAS2 peut attaquer plusieurs autres espèces en plus des humains. Il pense que le virus a évolué vers une capacité généraliste alors qu'il était encore chez les chauves-souris.Parce que les chauves-souris qu'il infecte sont largement réparties dans le sud et le centre de la Chine, le virus a eu amplement l'occasion de se propager aux humains, même s'il semble ne l'avoir fait qu'à une seule occasion connue. La thèse de Robertson explique pourquoi personne n'a jusqu'à présent trouvé de trace du SRAS2 dans un hôte intermédiaire ou dans des populations humaines surveillées avant décembre 2019. Cela expliquerait également le fait déroutant que le SRAS2 n'a pas changé depuis son apparition chez l'homme - il n'a pas besoin car il pourrait déjà attaquer efficacement les cellules humaines.

    Un problème avec cette idée, cependant, est que si le SRAS2 est passé des chauves-souris aux humains en un seul saut et n'a pas beaucoup changé depuis, il devrait toujours être bon pour infecter les chauves-souris. Et il semble que non.

    « Les espèces de chauves-souris testées sont faiblement infectées par le SRAS-CoV-2 et il est donc peu probable qu'elles soient la source directe d'infection humaine », écrivent un groupe scientifique sceptique quant à l'émergence naturelle.

    Pourtant, Robertson est peut-être sur quelque chose. Les coronavirus de chauve-souris des grottes du Yunnan peuvent infecter directement les humains. En avril 2012, six mineurs qui nettoient le guano de chauve-souris de la mine de Mojiang ont contracté une pneumonie grave avec des symptômes de type COVID-19 et trois sont finalement décédés. Un virus isolé de la mine de Mojiang, appelé RaTG13, est toujours le plus proche parent connu du SRAS2. Beaucoup de mystère entoure l'origine, les rapports et l'affinité étrangement faible de RaTG13 pour les cellules de chauve-souris, ainsi que la nature de 8 virus similaires que Shi rapporte avoir collectés en même temps mais n'a pas encore publié malgré leur grande pertinence pour l'ascendance du SRAS2. Mais tout cela est une histoire pour un autre temps. Le fait est que les virus des chauves-souris peuvent infecter directement les humains, mais uniquement dans des conditions particulières.

    Alors, qui d'autre, à part les mineurs qui extraient du guano de chauve-souris, entre en contact particulièrement étroit avec les coronavirus de chauve-souris ? Eh bien, les chercheurs sur les coronavirus le font. Shi dit qu'elle et son groupe ont collecté plus de 1 300 échantillons de chauves-souris lors de huit visites dans la grotte de Mojiang entre 2012 et 2015, et qu'il y a eu sans aucun doute de nombreuses expéditions dans d'autres grottes du Yunnan.

    Imaginez les chercheurs faisant de fréquents voyages de Wuhan au Yunnan et retour, remuant le guano de chauve-souris dans des grottes et des mines sombres, et maintenant vous commencez à voir un possible chaînon manquant entre les deux endroits. Les chercheurs auraient pu être infectés lors de leurs voyages de collecte ou en travaillant avec les nouveaux virus à l'Institut de virologie de Wuhan. Le virus qui s'est échappé du laboratoire aurait été un virus naturel, pas un virus concocté par gain de fonction.

    La thèse en direct des chauves-souris est une chimère entre l'émergence naturelle et les scénarios d'évasion en laboratoire. C'est une possibilité qui ne peut être écartée. Mais par contre, il y a les faits que 1) le SRAS2 et le RaTG13 semblent n'avoir qu'une faible affinité pour les cellules de chauve-souris, donc on ne peut pas être totalement sûr que l'un ou l'autre ait jamais vu l'intérieur d'une chauve-souris et 2) la théorie n'est pas meilleure que le scénario d'émergence naturelle pour expliquer comment le SRAS2 a obtenu son site de clivage de la furine, ou pourquoi le site de clivage de la furine est déterminé par les codons d'arginine préférés par l'homme plutôt que par les codons préférés des chauves-souris.

    Où nous sommes si loin. Ni l'émergence naturelle ni l'hypothèse d'évasion en laboratoire ne peuvent encore être exclues. Il n'y a toujours aucune preuve directe pour l'un ou l'autre. Aucune conclusion définitive ne peut donc être tirée.

    Cela dit, les preuves disponibles penchent plus fortement dans un sens que dans l'autre. Les lecteurs se feront leur propre opinion. Mais il me semble que les partisans de l'évasion en laboratoire peuvent expliquer tous les faits disponibles sur le SRAS2 considérablement plus facilement que ceux qui favorisent l'émergence naturelle.

    Il est documenté que des chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan effectuaient des expériences de gain de fonction conçues pour que les coronavirus infectent les cellules humaines et les souris humanisées. C'est exactement le genre d'expérience à partir de laquelle un virus de type SRAS2 aurait pu émerger. Les chercheurs n'étaient pas vaccinés contre les virus à l'étude et travaillaient dans les conditions minimales de sécurité d'un laboratoire BSL2. L'évasion d'un virus ne serait donc pas du tout surprenante. Dans toute la Chine, la pandémie a éclaté aux portes de l'institut de Wuhan. Le virus était déjà bien adapté à l'homme, comme on pouvait s'y attendre pour un virus cultivé chez des souris humanisées. Il possédait une amélioration inhabituelle, un site de clivage de la furine, qui n'est possédé par aucun autre bêta-coronavirus connu lié au SRAS, et ce site comprenait un double codon d'arginine également inconnu parmi les bêta-coronavirus. Quelles autres preuves pourriez-vous vouloir, à part les dossiers de laboratoire actuellement impossibles à obtenir documentant la création du SRAS2 ?

    Les partisans de l'émergence naturelle ont une histoire un peu plus difficile à raconter. La plausibilité de leur cas repose sur une seule hypothèse, le parallèle attendu entre l'émergence du SRAS2 et celle du SRAS1 et du MERS. Mais aucune des preuves attendues à l'appui d'une telle histoire parallèle n'a encore émergé. Personne n'a trouvé la population de chauves-souris qui était à l'origine du SRAS2, si tant est qu'elle ait jamais infecté des chauves-souris. Aucun hôte intermédiaire ne s'est présenté, malgré une recherche intensive des autorités chinoises qui a inclus le test de 80 000 animaux. Il n'y a aucune preuve que le virus fasse de multiples sauts indépendants de son hôte intermédiaire à l'homme, comme l'ont fait les virus SARS1 et MERS. Il n'y a aucune preuve dans les dossiers de surveillance des hôpitaux que l'épidémie s'intensifie dans la population au fur et à mesure de l'évolution du virus. Il n'y a aucune explication sur les raisons pour lesquelles une épidémie naturelle devrait éclater à Wuhan et nulle part ailleurs. Il n'y a pas de bonne explication sur la façon dont le virus a acquis son site de clivage de la furine, qu'aucun autre bêta-coronavirus lié au SRAS ne possède, ni pourquoi le site est composé de codons préférés par l'homme. La théorie de l'émergence naturelle combat un éventail hérissé d'invraisemblances.

    Les dossiers de l'Institut de virologie de Wuhan contiennent certainement beaucoup d'informations pertinentes. Mais les autorités chinoises semblent peu susceptibles de les libérer étant donné la chance substantielle qu'elles incriminent le régime dans la création de la pandémie. En l'absence des efforts de certains lanceurs d'alerte chinois courageux, nous avons peut-être déjà à portée de main à peu près toutes les informations pertinentes que nous sommes susceptibles d'obtenir pendant un certain temps.

    Cela vaut donc la peine d'essayer d'évaluer la responsabilité de la pandémie, au moins de manière provisoire, car l'objectif primordial reste d'en empêcher une autre. Même ceux qui ne sont pas persuadés que l'évasion en laboratoire est l'origine la plus probable du virus SRAS2 peuvent voir des raisons de s'inquiéter de l'état actuel de la réglementation régissant la recherche sur le gain de fonction. Il y a deux niveaux de responsabilité évidents : le premier, pour permettre aux virologues d'effectuer des expériences de gain de fonction, offrant un gain minimal et un risque énorme, le second, si effectivement le SRAS2 a été généré en laboratoire, pour permettre au virus de s'échapper et de déclencher un pandémie mondiale. Voici les joueurs qui semblent les plus susceptibles de mériter le blâme.

    1. Les virologues chinois

    Tout d'abord, les virologues chinois sont à blâmer pour avoir effectué des expériences de gain de fonction dans des conditions de sécurité principalement de niveau BSL2 qui étaient beaucoup trop laxistes pour contenir un virus d'une infectiosité inattendue comme le SRAS2. Si le virus s'est bel et bien échappé de leur laboratoire, ils méritent la censure mondiale pour un accident prévisible qui a déjà causé la mort de trois millions de personnes. Certes, Shi a été formé par des virologues français, a travaillé en étroite collaboration avec des virologues américains et suivait les règles internationales pour le confinement des coronavirus. Mais elle aurait pu et dû faire sa propre évaluation des risques qu'elle courait. Elle et ses collègues portent la responsabilité de leurs actes.

    J'utilise l'Institut de virologie de Wuhan comme raccourci pour toutes les activités virologiques à Wuhan. Il est possible que le SRAS2 ait été généré dans un autre laboratoire de Wuhan, peut-être pour tenter de fabriquer un vaccin qui fonctionne contre tous les coronavirus. Mais jusqu'à ce que le rôle des autres virologues chinois soit clarifié, Shi est le visage public des travaux chinois sur les coronavirus, et provisoirement, elle et ses collègues seront en première ligne pour l'opprobre.

    2. Les autorités chinoises

    Les autorités centrales chinoises n'ont pas généré le SRAS2, mais elles ont certainement fait tout leur possible pour dissimuler la nature de la tragédie et la responsabilité de la Chine dans celle-ci. Ils ont supprimé tous les enregistrements de l'Institut de virologie de Wuhan et fermé ses bases de données virales. Ils ont publié un filet d'informations, dont la plupart étaient peut-être carrément fausses ou conçues pour induire en erreur et induire en erreur. Ils ont fait de leur mieux pour manipuler l'enquête de l'OMS sur les origines du virus et ont conduit les membres de la commission dans une course infructueuse. Jusqu'à présent, ils se sont montrés beaucoup plus intéressés à détourner le blâme que de prendre les mesures nécessaires pour empêcher une deuxième pandémie.

    3. La communauté mondiale des virologues

    Les virologues du monde entier forment une communauté professionnelle peu soudée. Ils écrivent des articles dans les mêmes revues. Ils assistent aux mêmes conférences. Ils ont des intérêts communs à rechercher des fonds auprès des gouvernements et à ne pas être surchargés de réglementations en matière de sécurité.

    Les virologues connaissaient mieux que quiconque les dangers de la recherche sur le gain de fonction. Mais le pouvoir de créer de nouveaux virus et le financement de la recherche obtenu en le faisant étaient trop tentants. Ils ont poursuivi les expériences de gain de fonction. Ils ont fait pression contre le moratoire imposé sur le financement fédéral pour la recherche sur le gain de fonction en 2014, et il a été levé en 2017.

    Les bénéfices de la recherche dans la prévention de futures épidémies ont été jusqu'à présent nuls, les risques énormes. Si la recherche sur les virus SARS1 et MERS ne pouvait être effectuée qu'au niveau de sécurité BSL3, il était sûrement illogique d'autoriser tout travail avec de nouveaux coronavirus au niveau inférieur de BSL2. Que le SRAS2 se soit ou non échappé d'un laboratoire, les virologues du monde entier ont joué avec le feu.

    Leur comportement a longtemps alarmé d'autres biologistes. En 2014, des scientifiques se faisant appeler le groupe de travail de Cambridge ont exhorté à la prudence lors de la création de nouveaux virus. En termes prémonitoires, ils ont précisé le risque de créer un virus semblable au SRAS2. « Les risques d'accident liés aux « agents pathogènes potentiels pandémiques » nouvellement créés soulèvent de nouvelles préoccupations graves", ont-ils écrit. « La création en laboratoire de nouvelles souches hautement transmissibles de virus dangereux, en particulier mais sans s'y limiter, la grippe, présente des risques considérablement accrus. Une infection accidentelle dans un tel environnement pourrait déclencher des épidémies difficiles ou impossibles à contrôler. »

    Lorsque les biologistes moléculaires ont découvert une technique pour déplacer des gènes d'un organisme à un autre, ils ont organisé une conférence publique à Asilomar en 1975 pour discuter des risques possibles. Malgré de nombreuses oppositions internes, ils ont dressé une liste de mesures de sécurité strictes qui pourraient être assouplies à l'avenir - et l'ont été dûment - lorsque les dangers possibles auront été mieux évalués.

    Lorsque la technique CRISPR pour éditer les gènes a été inventée, les biologistes ont convoqué un rapport conjoint des académies nationales des sciences des États-Unis, du Royaume-Uni et de la Chine pour exhorter à la retenue des modifications héréditaires du génome humain. Les biologistes qui ont inventé le forçage génétique ont également été ouverts sur les dangers de leur travail et ont cherché à impliquer le public.

    Vous pourriez penser que la pandémie de SRAS2 inciterait les virologues à réévaluer les avantages de la recherche sur le gain de fonction, voire à impliquer le public dans leurs délibérations. Mais non. De nombreux virologues tournent en dérision l'évasion de laboratoire comme une théorie du complot, et d'autres ne disent rien. Ils se sont barricadés derrière un mur de silence chinois qui, jusqu'à présent, fonctionne bien pour apaiser, ou du moins retarder, la curiosité des journalistes et la colère du public. Les professions qui ne peuvent pas s'autoréguler méritent d'être régulées par d'autres, et cela semble être l'avenir que les virologues se choisissent.

    4. Le rôle des États-Unis dans le financement de l'Institut de virologie de Wuhan [2]

    De juin 2014 à mai 2019, l'Alliance EcoHealth de Daszak a reçu une subvention du National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), qui fait partie des National Institutes of Health, pour effectuer des recherches sur le gain de fonction avec les coronavirus à l'Institut de virologie de Wuhan. . Que le SRAS2 soit ou non le produit de cette recherche, il semble une politique discutable de confier la recherche à haut risque à des laboratoires étrangers en utilisant des précautions de sécurité minimales. Et si le virus SARS2 s'est bel et bien échappé de l'institut de Wuhan, alors le NIH se retrouvera dans la terrible position d'avoir financé une expérience désastreuse qui a entraîné la mort de plus de 3 millions de personnes dans le monde, dont plus d'un demi-million des siens. citoyens.

    La responsabilité du NIAID et du NIH est encore plus aiguë car pendant les trois premières années de la subvention à EcoHealth Alliance, il y avait un moratoire sur le financement de la recherche sur le gain de fonction. Lorsque le moratoire a expiré en 2017, il a non seulement disparu, mais a été remplacé par un système de signalement, le cadre de contrôle et de surveillance des agents pathogènes pandémiques potentiels (P3CO), qui obligeait les agences à signaler pour examen tout travail dangereux de gain de fonction qu'elles souhaitaient. à financer.

    Le moratoire, officiellement qualifié de «pause», interdisait spécifiquement de financer toute recherche de gain de fonction augmentant la pathogénicité des virus de la grippe, du MERS ou du SRAS. Il définissait le gain de fonction de manière très simple et large comme « une recherche qui améliore la capacité d'un agent pathogène à provoquer une maladie ».

    Mais ensuite, une note de bas de page à la page 2 du document sur le moratoire indique qu'« une exception à la pause de la recherche peut être obtenue si le chef de l'agence de financement du gouvernement américain détermine que la recherche est nécessaire de toute urgence pour protéger la santé publique ou la sécurité nationale. . "

    Cela semblait signifier que soit le directeur du NIAID, Anthony Fauci, soit le directeur du NIH, Francis Collins, ou peut-être les deux, auraient invoqué l'exemption afin de maintenir l'argent versé à la recherche de gain de fonction de Shi, et plus tard pour éviter d'informer le système fédéral de déclaration de ses recherches.

    "Malheureusement, le directeur du NIAID et le directeur du NIH ont exploité cette faille pour accorder des exemptions aux projets soumis à la pause - affirmant de manière absurde que la recherche exemptée était" nécessaire de toute urgence pour protéger la santé publique ou la sécurité nationale "-, annulant ainsi la pause", a déclaré le Dr Richard. Ebright a déclaré dans une interview avec Independent Science News.

    Mais il n'est pas si clair que le NIH ait jugé nécessaire d'invoquer des failles. Fauci a déclaré lors d'une audience au Sénat le 11 mai que "le NIH et le NIAID n'ont catégoriquement pas financé la recherche sur le gain de fonction à mener à l'Institut de virologie de Wuhan".

    C'était une déclaration surprenante au vu de toutes les preuves concernant les expériences de Shi sur l'amélioration des coronavirus et le langage du statut du moratoire définissant le gain de fonction comme "toute recherche qui améliore la capacité d'un agent pathogène à provoquer une maladie".

    L'explication peut être une définition. L'Alliance EcoHealth de Daszak, pour sa part, estime que le terme gain de fonction s'applique uniquement aux améliorations des virus qui infectent les humains, et non aux virus animaux. "La recherche sur le gain de fonction fait donc spécifiquement référence à la manipulation de virus humains afin qu'ils soient plus facilement transmissibles, qu'ils aggravent l'infection ou qu'ils se propagent plus facilement", a déclaré un responsable de l'Alliance à The Dispatch Fact Check.

    Si le NIH partage le point de vue de l'EcoHealth Alliance selon lequel le «gain de fonction» ne s'applique qu'aux virus humains, cela expliquerait pourquoi Fauci pourrait assurer au Sénat qu'il n'avait jamais financé de telles recherches à l'Institut de virologie de Wuhan. Mais la base juridique d'une telle définition n'est pas claire et elle diffère de celle du libellé du moratoire qui était vraisemblablement applicable.


    Les origines du Covid-19 : un virus fabriqué en laboratoire et une dissimulation massive par des coupables ? Une analyse

    Le lien avec le financement d'organisations basées aux États-Unis pour des expériences dans les laboratoires de Wuhan, le conflit d'intérêts dans les articles publiés par des chercheurs niant une fuite de laboratoire et la réticence de la Chine à publier plus d'informations sur les expériences dans le laboratoire de Wuhan soulèvent de nombreuses questions sur l'origine de Covid-19 .

    Daszak avait admis avoir développé des coronavirus du SRAS en Chine qui n'ont pas de vaccins, juste avant le début de la pandémie

    Wade écrit que dans une interview le 9 décembre, juste avant que la pandémie ne fasse rage, Daszak s'était lui-même vanté d'avoir mené des recherches pour manipuler les coronavirus et ils ont développé plus de 100 nouveaux coronavirus qui peuvent pénétrer dans les cellules humaines dans un laboratoire, ils sont incurables avec des modèles d'anticorps et il n'existe aucun vaccin contre eux. Il s'est également vanté que les coronavirus sont assez faciles à manipuler. La partie pertinente peut être vue à la marque des 28 minutes dans l'interview ci-dessous.

    Le lieu d'origine du SRAS2

    Les plus proches parents connus du SRAS2 ont été trouvés dans les grottes du Yunnan, mais le SRAS2 a été trouvé infectant des personnes à 1 500 km de Wuhan. L'aire de répartition des chauves-souris est d'environ 50 K.M. il est très peu probable qu'ils aient voyagé du Yunnan à Wuhan.

    La théorie d'une personne intermédiaire ou d'un animal voyageant à Wuhan ne tient pas non plus car personne entre le Yunnan et Wuhan n'a été infecté par le virus. Wuhan abrite les principaux centres de recherche sur les coronavirus en Chine. Comme indiqué précédemment, les scientifiques ont pu créer des virus de chauve-souris génétiquement modifiés capables d'attaquer les humains.

    Évolution des chauves-souris aux humains

    Une théorie suggère que l'intermédiaire n'a pas encore été trouvé. Ceux qui croient en cette théorie disent qu'il est possible que le passage de la chauve-souris à l'humain ait eu lieu en dehors de la Chine. Une autre théorie suggère des sauts directs des chauves-souris aux humains. Dans ce cas, le virus n'aurait pas dû changer beaucoup. Si le virus est passé directement de la chauve-souris à l'homme, il aurait dû également pouvoir infecter les chauves-souris, ce qui n'est pas le cas.

    Aucune preuve solide d'émergence naturelle ou de fuite du laboratoire

    Il n'y a aucune preuve directe de l'une ou l'autre des théories. Jusqu'à ce qu'aucune conclusion définitive ne puisse être tirée, l'émergence naturelle et l'hypothèse de l'évasion du laboratoire doivent être prises en compte. Notamment, les possibilités pèsent en faveur d'une fuite de dalle. Il est bien documenté que les chercheurs de l'Institut de virologie de Wuhan effectuaient des expériences de gain de fonction et travaillaient dans des conditions de sécurité minimales du laboratoire BSL2. Ainsi, échapper au virus ne serait pas une surprise.

    Les dossiers du laboratoire peuvent rendre les choses plus claires, mais il est peu probable que le gouvernement chinois publie les documents. Le lien avec le financement d'organisations basées aux États-Unis pour des expériences dans les laboratoires de Wuhan, le conflit d'intérêts dans les articles publiés par des chercheurs niant une fuite de laboratoire et la réticence de la Chine à publier plus d'informations sur les expériences dans le laboratoire de Wuhan soulèvent de nombreuses questions sur l'origine de Covid-19 .

    Le rapport détaillé de Nicholas Wade sur l'origine du virus Covid-19 peut être lu ici.


    Le coronavirus du pangolin pourrait sauter aux humains, selon la recherche

    Des scientifiques du Francis Crick Institute ont découvert d'importantes similitudes structurelles entre le SRAS-CoV-2 et un coronavirus pangolin, suggérant qu'un coronavirus pangolin pourrait infecter les humains.

    Alors que le SRAS-CoV-2 est censé avoir évolué à partir d'un coronavirus de chauve-souris, son chemin évolutif exact est toujours un mystère. Découvrir son histoire est difficile car il existe probablement de nombreux coronavirus de chauve-souris non découverts et, en raison des différences entre les coronavirus de chauve-souris et le SRAS-CoV-2, on pense que le virus a pu être transmis à l'homme via au moins une autre espèce.

    Dans leur étude, publiée dans Communication Nature, les scientifiques ont comparé les structures des protéines de pointe trouvées sur le SRAS-CoV-2, le coronavirus de chauve-souris RaTG13 actuellement identifié le plus similaire, et un coronavirus isolé de pangolins malais qui ont été saisis par les autorités après avoir été introduits en contrebande en Chine. Ils ont découvert que le virus du pangolin était capable de se lier aux récepteurs des pangolins et des humains. Cela diffère du coronavirus de chauve-souris, qui ne pouvait pas se lier efficacement aux récepteurs humains ou pangolins.

    Antoni Wrobel, co-auteur principal et stagiaire postdoctoral au Laboratoire de biologie structurale des processus pathologiques du Crick, déclare : « En testant si la protéine de pointe d'un virus donné peut se lier aux récepteurs cellulaires de différentes espèces, nous sommes en mesure de voir si, en théorie, le virus pourrait infecter cette espèce."

    "Il est important de noter ici que nous avons montré deux éléments clés. Premièrement, que ce virus de chauve-souris serait peu susceptible d'infecter les pangolins. Et deuxièmement, un virus du pangolin pourrait potentiellement infecter les humains."

    L'équipe a utilisé la microscopie cryoélectronique pour découvrir dans les moindres détails la structure de la protéine de pointe du coronavirus du pangolin, qui est responsable de la liaison et de l'infection des cellules. Alors que certaines parties du pic du virus du pangolin se sont avérées incroyablement similaires au SRAS-CoV-2, d'autres domaines différaient.

    En termes de compréhension du chemin évolutif du SARS-CoV-2, ce travail ne confirme pas si ce virus du pangolin fait définitivement partie de la chaîne d'évolution du SARS-CoV-2. Mais les résultats soutiennent divers scénarios possibles sur la façon dont le coronavirus est passé des chauves-souris aux humains. Une voie potentielle est que le SRAS-CoV-2 provienne d'un autre coronavirus de chauve-souris actuellement inconnu qui pourrait infecter les pangolins, et de cette espèce, il s'est ensuite déplacé vers l'homme. Ou bien, RaTG13 ou un coronavirus de chauve-souris similaire pourrait avoir fusionné avec un autre coronavirus dans une espèce intermédiaire différente, autre qu'un pangolin.

    Donald Benton, co-auteur principal et stagiaire postdoctoral au Laboratoire de biologie structurale des processus pathologiques du Crick, déclare : « Nous n'avons toujours pas de preuves pour confirmer le chemin évolutif du SRAS-CoV-2 ou pour prouver définitivement que ce le virus est passé par les pangolins aux humains."

    "Cependant, nous avons montré qu'un virus du pangolin pourrait potentiellement se propager à l'homme, nous appelons donc à la prudence lors de tout contact avec cette espèce et à la fin de la contrebande et du commerce illégaux de pangolins pour se protéger contre ce risque."

    Steve Gamblin, chef de groupe du Laboratoire de biologie structurale des processus pathologiques du Crick, déclare : « Il reste encore beaucoup à découvrir sur l'évolution du SRAS-CoV-2, mais plus nous en savons sur son histoire et les espèces qu'il a traversées. , plus nous comprenons comment cela fonctionne et comment cela peut continuer à évoluer."

    Ce travail s'appuie sur des études antérieures de l'équipe Crick, y compris des recherches publiées en juillet 2020, qui ont révélé que le coronavirus de chauve-souris RaTG13 ne pouvait pas se lier efficacement aux récepteurs humains.

    L'équipe continue d'examiner les pics de SARS-CoV-2 et de coronavirus apparentés, y compris d'autres virus de chauve-souris, afin de mieux comprendre les mécanismes d'infection et d'évolution.


    Comprendre les virus et les défis en microbiologie

    La virologie occupe une place centrale à la fois dans la microbiologie et dans la perception du public, jamais plus que maintenant alors que nous sommes confrontés au défi d'un nouveau pathogène viral. Cette section se concentre sur les virus, leur structure et comment nous pouvons manipuler les virus au profit de la société.

    Virologie et maladie virale

    Nicola J. Stonehouse et Natalie Kingston

    Les virus infectent toutes les formes de vie et, bien qu'ils puissent être extrêmement variables, la survie et la propagation de tous les virus dépendent des cellules hôtes vivantes. Dans leur forme la plus simple, ce sont des enveloppes protéiques, avec un centre d'acide nucléique. Les coquilles (appelées capsides) protègent l'acide nucléique et servent à le transmettre à de nouvelles cellules afin de propager l'infection. C'est l'acide nucléique qui déclenche la maladie. Les cellules peuvent donc devenir des usines de production de nouveaux virus qui vont ensuite infecter d'autres cellules au sein du même hôte ou infecter de nouveaux hôtes.

    &copier Nicola Stonehouse

    Bien que ce soient des virus tels qu'Ebola et Zika qui font la une des journaux, les informations provenant d'études sur une gamme de virus sont ce qui éclaire le développement de vaccins prophylactiques et de traitements thérapeutiques. En effet, la compréhension de ces détails de la structure et du cycle de vie du virus a révélé des parallèles entre les virus simples qui infectent les bactéries et les levures avec ceux qui infectent les plantes et les mammifères. Cependant, de petits changements peuvent avoir de grandes conséquences en termes de gravité de l'infection et de sensibilité de l'hôte. De plus, de nouveaux virus apparaissent toujours. Ceci est principalement dû à la vitesse à laquelle les génomes viraux sont copiés et aux erreurs qui peuvent en résulter. Cette capacité à changer rapidement peut signifier que les virus peuvent "sauter" pour infecter de nouvelles espèces.

    La poursuite des recherches est essentielle pour mieux comprendre les virus et être en mesure de réagir rapidement aux maladies virales nouvelles et ré-émergentes.

    Nicola J. Stonehouse

    Faculté des sciences biologiques, Université de Leeds, Leeds LS2 9JT, West Yorkshire, Royaume-Uni

    Nicola Stonehouse a obtenu un doctorat en 1992 sur le développement de l'émail dentaire. Elle est ensuite passée des études de cristaux inorganiques aux cristaux de protéines et aux études structurelles sur les bactériophages à ARN. Des études postdoctorales l'ont amenée à Uppsala et à Leeds et, en 1997, elle a reçu une bourse de développement de carrière du MRC. Ses recherches sont passées des phages aux picornavirus, maintenant un fort intérêt pour l'ARN. Elle a été nommée maître de conférences à Leeds en 2001, puis promue maître de conférences et titulaire de la chaire de virologie moléculaire en 2013.

    Nathalie Kingston

    Faculté des sciences biologiques, Université de Leeds, Leeds LS2 9JT, West Yorkshire, Royaume-Uni

    Natalie Kingston a obtenu un doctorat à l'Université Monash, en Australie, en 2017. Ses recherches se sont concentrées sur la génération de vaccins chimériques à particules de type virus contre Plasmodium. Elle a ensuite déménagé à l'Université de Leeds où elle travaille actuellement sur la caractérisation des entérovirus et le développement de vaccins contre les entérovirus avec Nicola Stonehouse et David Rowlands.

    Quelle est la meilleure décision de carrière que vous ayez jamais prise ?

    Nicola : Après mon doctorat, j'ai changé de terrain pour commencer à travailler sur les virus. A l'époque, cela m'a permis d'appliquer mes compétences à un nouveau problème biologique, celui de la structure des bactériophages. Mais cela m'a ouvert le monde des virus et je suis toujours fasciné par le cycle de vie des virus et par la recherche de nouvelles stratégies antivirales.

    Natalie : Déménagement à Leeds et changement de spécialisation en virologie moléculaire. Ce changement m'a ouvert de nouveaux domaines de recherche qui restent à la fois passionnants et ont le potentiel d'améliorer la conception des vaccins.

    Pourquoi la microbiologie est-elle importante ?

    Nicola : Les microbes sont partout et affectent presque tous les aspects de notre vie. Exploiter la puissance de la microbiologie peut donc apporter des avantages sanitaires, environnementaux, sociaux, culturels, industriels et économiques à notre société.

    Virus : le bon, le mauvais et l'utile

    Hollie French, Elizaveta Elshina, Emmanuelle Pitre et Aartjan te Velthuis

    Les virus sont les entités biologiques les plus abondantes et peut-être les plus diverses sur Terre. Ce sont des formes de vie simples et dépendent entièrement du détournement de cellules hôtes pour répliquer leurs génomes. Cependant, contrairement à la croyance populaire, tous les virus ne causent pas de maladie, car certains sont bénéfiques. En étudiant les virus, nous pouvons en apprendre davantage sur la biologie des cellules hôtes et des organismes, développer des stratégies contre les maladies virales et manipuler les virus à nos propres fins.

    Certains virus ne sont qu'un seul gène auto-répliquant, tandis que d'autres peuvent coder près d'un millier de protéines et avoir la taille d'une bactérie. Les cycles de vie varient également selon les virus, certains durant des millions d'années et d'autres moins d'une heure. Pourtant, malgré de vastes différences structurelles et moléculaires, tous les virus doivent pénétrer dans une cellule, trouver un site pour se répliquer et se propager.

    Reliure et saisie

    L'entrée du virus ne peut se produire que si une cellule exprime des protéines de surface auxquelles un virus peut se lier. Comme ce n'est pas toujours le cas, les infections virales sont limitées à des types de cellules, des organes et des organismes spécifiques. La connaissance du tropisme d'un virus est importante pour estimer le potentiel qu'un virus émerge d'une population réservoir et provoque une épidémie chez une autre espèce. Par exemple, un virus de la grippe de chauve-souris récemment découvert peut pénétrer dans les cellules humaines via le même récepteur qu'il utilise pour pénétrer dans les cellules de chauve-souris, ce qui suggère que la grippe de chauve-souris pourrait se propager dans la population humaine.

    Une fois à l'intérieur d'une cellule, les virus déplacent leur matériel génétique vers des sites de réplication. Les chercheurs peuvent suivre ce mouvement en traçant des virus uniques marqués par fluorescence à l'aide d'un microscope. Des études sur l'interaction du virus avec l'hôte ont révélé comment les virus utilisent le cytosquelette et les membranes intracellulaires pour la translocation et la réplication virales, mais aussi l'importance de ces composants de l'hôte pour la signalisation, le mouvement et l'immunité cellulaires normaux.

    Certains virus dépendent de la machinerie du noyau et doivent donc également traverser la membrane nucléaire. Pour ce faire, les virus de la grippe et le VIH-1 imitent les signaux des cellules hôtes et emploient des importines cellulaires pour transporter leur génome dans le noyau. Dans le noyau, les rétrovirus expriment leurs gènes en les intégrant dans le génome de l'hôte. De tels événements d'intégration peuvent conduire au cancer, mais aussi façonner l'évolution animale. Un exemple frappant est la &lsquodomestication&rsquo de la protéine d'enveloppe du rétrovirus HERV-W, maintenant connue sous le nom de syncytine, en tant que composant pour la formation du placenta chez les mammifères.

    Réplication et adaptation

    Qu'ils se répliquent dans le cytoplasme ou le noyau, tous les génomes viraux sont copiés par une polymérase. Les techniques de cristallographie aux rayons X et de microscopie électronique ont permis aux chercheurs de révéler la structure de ces enzymes et de développer des médicaments qui entravent la réplication virale. Certaines stratégies antivirales peuvent également exploiter le taux de mutation élevé de certains virus en poussant le taux d'erreur encore plus haut, provoquant finalement l'effondrement de la population virale.

    Pour empêcher les virus de voler leurs ressources, les cellules expriment des capteurs capables d'identifier les génomes viraux et les protéines. L'activation de ces capteurs déclenche la signalisation, empêche la propagation du virus et élimine l'infection. De nombreux virus codent pour des protéines qui peuvent supprimer ou empêcher ces réponses immunitaires innées, mais leur fonction doit être adaptée à un hôte. Les virus émergents déclenchent ainsi souvent des réponses plus fortes que les virus adaptés.

    Vecteurs et propagation

    Lorsque de nouvelles copies du génome viral sont prêtes à quitter la cellule hôte, certains virus fusionnent la cellule infectée avec une cellule voisine pour permettre une propagation plus rapide. D'autres virus condensent leur génome à l'intérieur d'une enveloppe protéique protectrice avec les bons récepteurs pour amener le nouveau virus à la cellule suivante. Pour condenser leur génome, certains herpèsvirus et bactériophages utilisent un puissant moteur moléculaire qui peut atteindre une pression de 50 atmosphères !

    En fin de compte, un virus peut avoir besoin de se propager entre les organismes. Il peut alors s'appuyer sur le comportement naturel de l'hôte ou d'un vecteur, comme une tique, ou manipuler le comportement de son hôte. Le virus de la rage, par exemple, utilise un composé semblable au venin de serpent qui rend les animaux agressifs et mousse à la bouche avec de la salive chargée de virus afin d'augmenter le risque qu'une morsure propage le virus. De même, certains baculovirus peuvent transformer les chenilles en &lsquozombies&rsquo qui grimpent jusqu'aux feuilles hautes et éclatent, propageant des particules virales infectieuses aux chenilles saines ci-dessous.

    Bien que les virus utilisent leur hôte, ils sont aussi incroyablement utiles. La biologie moléculaire utilise des enzymes virales pour manipuler l'ARN et l'ADN. De plus, nous pouvons désormais modifier les récepteurs viraux pour rediriger les virus vers des cellules spécifiques, telles que les cellules cancéreuses. De plus, nous pouvons créer des virus atténués qui ne peuvent proliférer que dans les cellules cancéreuses, qui manquent souvent de capteurs antiviraux, nous pouvons lyser les tumeurs et préserver les tissus sains, qui sont toujours capables de contrôler l'infection, indemnes.

    Les virus sont passés maîtres dans l'art d'infecter les cellules, utilisant la diversité de la vie en molécules, systèmes et comportements pour leur propagation. En les étudiant, nous apprenons de leur expertise sur nous-mêmes et sur les autres organismes. Ces connaissances, combinées aux avancées dans d'autres domaines scientifiques, nous permettent de reconcevoir les virus à nos propres fins. Les virus peuvent être non seulement les entités biologiques les plus abondantes et les plus diverses, mais aussi certaines des plus utiles.

    Hollie Français

    Division de virologie, Département de pathologie, Université de Cambridge, Cambridge CB2 0QQ, Royaume-Uni

    Hollie French est assistante de recherche. Elle est titulaire d'un BA en sciences naturelles (Université de Cambridge) et travaille maintenant sur la réplication aberrante de la grippe et l'immunité innée à l'Université de Cambridge. Ses intérêts portent sur la virologie des maladies infectieuses et la santé publique. Elle était auparavant stagiaire à l'Initiative mondiale pour l'éradication de la poliomyélite (OMS, Genève). Hollie est membre de la Microbiology Society depuis 2017.

    Elizaveta Elshina

    Division de virologie, Département de pathologie, Université de Cambridge, Cambridge CB2 0QQ, Royaume-Uni

    Après avoir obtenu un BSc en maladies infectieuses à l'Université d'Édimbourg, Elizaveta Elshina a travaillé dans le développement de vaccins précliniques à l'Université d'Oxford. Elle a commencé à travailler sur le virus de la grippe pendant sa maîtrise à l'Université de Zurich et étudie actuellement l'activité erronée de la polymérase du virus de la grippe pour son doctorat. Elle est membre de la Société de microbiologie depuis 2018.

    Emmanuelle Pitre

    Division de virologie, Département de pathologie, Université de Cambridge, Cambridge CB2 0QQ, Royaume-Uni

    Emmanuelle Pitre est diplômée d'un master en virologie fondamentale de Sorbonne Université et de l'Institut Pasteur. Elle prépare actuellement un doctorat à l'Université de Cambridge, sur les mécanismes de réplication des virus de la grippe.

    Aartjan te Velthuis

    Division de virologie, Département de pathologie, Université de Cambridge, Cambridge, CB2 0QQ, Royaume-Uni

    Aartjan te Velthuis est membre Henry Dale et chef de groupe au département de pathologie de l'Université de Cambridge. Il s'intéresse à la réplication du virus de la grippe et à la façon dont l'ARN viral aberrant déclenche des réponses immunitaires innées. Ses recherches sont financées par le Wellcome Trust, la Royal Society et le NIH/NIAID.

    Pourquoi la microbiologie est-elle importante ?

    Réponse commune : la microbiologie a un impact sur les vies humaines depuis la nuit des temps. Pendant des siècles, il a joué un rôle clé dans la façon dont nous cultivons, préparons, assaisonnons et préservons nos aliments. Nous utilisions de la levure pour faire de la bière avant de savoir comment faire de l'eau propre et d'apprendre à ajouter du sel aux aliments pour empêcher la croissance microbienne. Nous dépendons également de la microbiologie pour comprendre comment les virus, les bactéries et les champignons provoquent des maladies et comment nous pouvons combattre les agents pathogènes. En particulier, la découverte de la pénicilline, un produit d'un champignon qui peut tuer les bactéries, a sauvé de nombreuses vies. Mais la microbiologie est tout aussi importante pour notre avenir. Cela nous aide à trouver des moyens de décomposer le pétrole et le plastique, à développer des alternatives à d'autres produits nocifs et à trouver (et peut-être survivre sur) une planète habitable. La microbiologie est sans aucun doute l'un des domaines de recherche les plus importants aujourd'hui.

    Quelle est la partie la plus gratifiante de votre travail?

    Réponse commune : dans notre laboratoire, nous étudions comment les virus de la grippe se répliquent dans les cellules humaines, comment le génome viral est muté et comment l'efficacité de la réplication virale contribue à la maladie. Il est extrêmement excitant d'étudier ce virus et d'être l'un des premiers à découvrir des mécanismes moléculaires inconnus. On a l'impression d'être un explorateur découvrant un nouveau pays ou naviguant sur un nouveau sommet de montagne. Mais l'un des aspects les plus gratifiants de notre travail est de montrer aux autres à quel point la microbiologie est intéressante, soit en présentant notre travail, soit en utilisant des jeux tels que notre table de &lsquovirus roulette&rsquo pour enseigner aux enfants (et aux adultes) comment fonctionnent les infections et les anticorps.

    Comprendre les virus à l'échelle atomique : une histoire de la recherche sur la structure des virus

    David Bhella

    En tant que doctorant au département de cristallographie de l'Université Birkbeck de Londres, j'ai été frappé par le fier héritage de cette institution. Parmi les pionniers de la biologie structurale de ce département, J.D. Bernal, Rosalind Franklin et Aaron Klug ont apporté des contributions extraordinaires à la virologie structurale. En tant que jeune chercheur entrant dans le domaine, le sentiment de marcher sur les traces de personnages historiques aussi imposants était impressionnant. Au cours des 25 années qui ont suivi, j'ai été également étonné par les développements technologiques en biologie structurale qui ont propulsé le domaine vers l'avant. En particulier, l'évolution de la microscopie électronique cryogénique (cryoEM), qui est devenue un outil puissant pour la détermination de structure à haute résolution, particulièrement adapté aux grands assemblages macromoléculaires tels que les virus.

    Les virus sont des cibles fascinantes pour la recherche en biologie structurale, étant à la fois les formes de vie les plus petites (et les plus abondantes) de la planète et le plus grand des assemblages macromoléculaires à comprendre au niveau atomique.

    La forme des virus

    Nos premières connaissances sur la forme des virus sont venues lorsque Helmut Ruska a imagé pour la première fois des virus végétaux et animaux au microscope électronique à transmission (MET). Ces images ont été publiées en 1939. A cette époque, JD Bernal et Isidor Fankuchen commençaient à travailler sur la diffraction des rayons X de préparations concentrées de virus végétaux, dont le virus de la mosaïque du tabac (TMV) et le virus du rabougrissement de la tomate (TBSV) et montrant la première est une longue structure filamenteuse et la dernière une structure sphérique.

    Le travail commencé par Bernal a été poursuivi au collège Birkbeck, où il a recruté Rosalind Franklin pour étudier la structure détaillée de TMV. Elle a montré qu'il s'agissait d'un assemblage hélicoïdal et a défini les arrangements spatiaux des protéines et de l'ARN. Sur la base des travaux de Don Caspar, collaborateur et ami de Franklin, Crick et Watson ont proposé que les virus sphériques s'assemblent avec une symétrie icosaédrique. Utilisant un langage délicieusement anachronique, ces virus seraient susceptibles de ressembler à un "mûrier symétrique" s'assemblant à partir de 60 sous-unités protéiques.

    &copier https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/emdb/EMD-0056

    Les théories initiales de la symétrie icosaédrique dans les virus sphériques étaient insuffisantes, car de nombreux virus formaient des assemblages plus grands comprenant plusieurs centaines de protéines de capside. Don Caspar et Aaron Klug ont abordé ce problème en formulant leur théorie de l'emballage quasi-équivalent dans les virus icosaédriques. S'appuyant sur les connaissances émergentes, ils ont expliqué comment de plus grandes capsides pourraient être assemblées par l'introduction de petites variations dans les relations de liaison entre les sous-unités protéiques.

    Modélisation et structure atomique

    Le premier modèle atomique d'un virus sphérique a été calculé pour le TBSV par Steve Harrison et al. en 1978, révélant une coquille comprenant 180 copies de la protéine majeure de la capside. Cela a été suivi par les structures de deux petits virus contenant de l'ARN qui infectent les humains : le rhinovirus, résolu par Michael Rossmann et ses collègues, et le poliovirus résolu par Jim Hogle. et al., tous deux publiés en 1985.Ces études ont révélé un repli commun dans les protéines de capside de ces virus végétaux et animaux : un &beta-baril à huit brins connu sous le nom de &beta-jelly roll.

    Le potentiel d'utiliser des électrons plutôt que des rayons X pour déterminer la structure du virus a été démontré en 1968 lorsque David DeRosier et Aaron Klug ont calculé des cartes de densité 3D à basse résolution de la queue contractile du phage T4 à partir d'images MET. L'exploitation de la symétrie hélicoïdale de l'assemblage a permis de reconstruire la densité à partir d'images uniques de particules de phage colorées avec un sel de métal lourd. Une méthode pour déterminer les structures des objets icosaédriques a suivi, développée par Tony Crowther et ses collègues. Cependant, de nombreux aspects de la MET étaient gravement limitatifs, et la première étape pour surmonter ces défis a été l'invention de méthodes cryogéniques pour l'imagerie du matériel biologique dans la MET. En 1985, Marc Adrian et ses collègues ont publié des méthodes de préparation de particules virales en suspension dans de fines couches de glace vitreuse. L'absence de colorant et de fixateur chimique signifiait que la cryo-EM a produit des images d'assemblages macromoléculaires dans un état proche de l'état natif. Plusieurs avancées techniques en cryo-EM ont été nécessaires pour passer des premières cartes de densité à une résolution de 30&ndash40 angströms à l'endroit où nous en sommes maintenant &ndash où les reconstructions 3D à une résolution supérieure à 4 angströms permettent la construction de modèles atomiques fiables.

    Les progrès technologiques

    L'introduction de la première génération de caméras numériques pour MET a entraîné une révolution technologique en cryo-EM, facilitant le développement de la collecte automatisée de données et de la tomographie électronique (cryo-ET). Cryo-ET permet l'analyse de la structure d'entités morphologiquement uniques, en les faisant pivoter au microscope électronique et en enregistrant une série d'images inclinées. Ces données peuvent ensuite être traitées pour calculer une reconstruction 3D à résolution intermédiaire. Une application notable de cette méthode a conduit au calcul d'un modèle atomique de la capside du VIH dans le laboratoire de John Briggs à l'EMBL Heidelberg.

    Pendant une grande partie de la première décennie du 21e siècle, la recherche sur la structure des virus a combiné des cartes cryo-EM à résolution intermédiaire avec des données de rayons X pour produire des modèles pseudo-atomiques, par exemple, de complexes de virus et de protéines hôtes telles que les anticorps. La première ab initio Le modèle atomique intégré dans une carte cryo-EM monoparticule d'un virus était celui du virus de la polyédrose cytoplasmique publié par le laboratoire de Z. Hong Zhou en 2008. La révolution de la résolution cryo-EM a depuis transformé cette méthode au point que les modèles atomiques de les capsides du virus icosaédrique peuvent être calculées rapidement. Au moment de la rédaction de cet article, il existe 175 structures de capside dans la banque de données de protéines résolues par cryo-EM à une résolution supérieure à 4 angströms. Parmi les réalisations récentes notables, citons les structures à haute résolution de deux très gros virus : le virus de l'herpès simplex et le virus de la peste porcine africaine.

    Les développements récents des logiciels de reconstruction d'images ont permis aux chercheurs de sonder l'asymétrie dans les virus, révélant des cas où s'écarter de la symétrie est essentiel pour le cycle de vie viral. Un exemple récent de mon propre laboratoire est notre découverte que la protéine de capside mineure VP2 du calicivirus forme un portail à un triple sommet unique après la liaison au récepteur. Nous pensons que c'est le mécanisme par lequel le virus injecte son génome dans la cellule.

    En ce qui concerne l'avenir de la recherche sur la structure des virus, les rayons X et la cryo-EM offrent la perspective alléchante de visualiser le comportement du virus dans la cellule. La microscopie cryogénique à rayons X est en train de devenir un outil puissant pour l'imagerie de cellules entières, révélant les réarrangements des organites associés aux infections virales. La cryo-ET des cellules infectées par le virus permet aux chercheurs d'analyser les structures virales in situ, fournissant un contexte biologique précieux pour structurer les données et promettant que dans un avenir pas trop lointain, il sera possible de résoudre les structures des virus dans leur habitat naturel.

    Exploiter la biologie structurale en temps de crise

    En janvier 2020, le SRAS-Coronavirus 2 est apparu dans la ville chinoise de Wuhan et s'est rapidement propagé à travers le monde, provoquant des maladies graves et des décès. Cela a conduit au verrouillage généralisé de villes et de nations entières. La communauté scientifique s'est mobilisée pour faire face à cette crise, y compris les biologistes structurels. La rapidité avec laquelle les chercheurs ont résolu les structures atomiques des protéines virales critiques témoigne des avancées significatives de la cristallographie aux rayons X et de la cryo-EM. Au moment de la rédaction (20 mars 2020), 29 structures protéiques pour le SRAS-CoV-2 ont été déposées dans la Protein Data Bank, y compris la protéase Mpro liée à plusieurs inhibiteurs, la protéine S qui médie l'attachement et l'entrée, et un complexe du domaine de liaison au récepteur de la protéine S et du récepteur cellulaire ACE2 du virus. Ces données éclaireront le développement d'antiviraux et de vaccins et constituent une contribution majeure à l'effort mondial pour vaincre le COVID-19.

    David Bhella

    MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR), Sir Michael Stoker Building, Garscube Campus, 464 Bearsden Road, Glasgow G61 1QH, Royaume-Uni

    David Bhella est professeur de virologie structurelle au Medical Research Council et à l'Université de Glasgow CVR. Il est également directeur associé du CVR et directeur du Scottish Centre for Macromolecular Imaging (SCMI). David a commencé sa carrière en tant que virologue diagnostique au Royal London Hospital avant d'entreprendre un doctorat avec le professeur Helen Saibil FRS au Birkbeck College. Il a ensuite déménagé à l'unité de virologie de Glasgow MRC où il a développé son programme de recherche en virologie structurelle.

    Pourquoi la microbiologie est-elle importante ?

    La microbiologie a un impact sur de nombreux éléments clés de l'activité humaine. Comprendre les microbes en tant que principaux moteurs des écosystèmes de la planète, agents pathogènes, composants irremplaçables de nos propres processus biologiques et en tant qu'outils est un besoin scientifique vital. L'étude de la biologie des micro-organismes a le potentiel de nous permettre de prévenir et de traiter les maladies infectieuses et métaboliques, ainsi que de nous nourrir tout en minimisant nos impacts écologiques.

    Quelle est la partie la plus gratifiante de votre travail?

    Pendant une grande partie de ma carrière, le moteur principal a été le pur frisson de la découverte. Ce moment où vos expériences mènent à un nouvel aperçu de la biologie d'un virus important est si souvent inattendu et surprenant. Pendant un instant, vous êtes la seule personne dans l'histoire de l'humanité à savoir quelque chose d'important. Les événements récents m'ont rappelé pourquoi j'ai d'abord choisi de devenir virologue. Comprendre les virus au niveau moléculaire est essentiel pour prévenir des maladies graves et sauver des vies. La microbiologie est une entreprise mondiale et je suis fier d'y jouer mon petit rôle.

    Vignette : Bactériophage T4. Eye of Science/Bibliothèque de photos scientifiques.

    Micrographie électronique à transmission du rhinovirus humain, principal agent causal du rhume. Nicola Stonehouse.


    À la recherche des origines du virus

    Des experts chinois et l'équipe conjointe de l'Organisation mondiale de la santé visitent l'hôpital de Wuhan Tongji à Wuhan, province du Hubei, Chine, le 23 février 2020. (China Daily via Reuters)

    Au menu aujourd'hui : un article de recherche scientifique démontre que le SARS-CoV-2 - le type de coronavirus qui cause le COVID-19 - doit avoir passé du temps à s'infiltrer dans un pangolin, l'espèce ressemblant à un fourmilier qui en est une des animaux les plus trafiqués au monde. Mais comment cela cadre-t-il avec d'autres études suggérant que le marché des fruits de mer de Huanan n'était pas le point d'origine du virus, et d'autres scientifiques affirmant qu'un passage direct des chauves-souris aux humains était plus probable ?

    Le COVID-19 remonte-t-il tous aux pangolins ?

    Hier, quelqu'un m'a envoyé cet article en Médecine naturelle, arguant que le scénario d'une infection accidentelle en laboratoire par le SRAS-CoV-2 - le type de coronavirus qui cause le COVID-19 - est peu probable, car le virus présente certaines caractéristiques qui indiquent qu'il a évolué au cours d'une période considérable d'évolution naturelle sélection, et ces traits sont tout simplement trop similaires aux coronavirus des pangolins pour que le virus soit passé directement des chauves-souris aux humains.

    La recherche fondamentale impliquant le passage de coronavirus de type SARS-CoV de chauve-souris dans des cultures cellulaires et/ou des modèles animaux est en cours depuis de nombreuses années dans les laboratoires de niveau de biosécurité 2 à travers le monde27, et il existe des cas documentés d'évasions en laboratoire du SRAS-CoV28. Nous devons donc examiner la possibilité d'une libération intempestive en laboratoire du SARS-CoV-2.

    En théorie, il est possible que le SARS-CoV-2 ait acquis des mutations RBD (Fig. 1a) lors de l'adaptation au passage en culture cellulaire, comme cela a été observé dans les études sur le SARS-CoV11. La découverte de coronavirus de type SARS-CoV à partir de pangolins avec des RBD presque identiques, cependant, fournit une explication beaucoup plus forte et plus parcimonie de la façon dont le SARS-CoV-2 les a acquis par recombinaison ou mutation.

    Les auteurs de cette étude sont prudents ils notent que nous ne savons pas ce que nous ne savons pas : « Bien qu'aucun coronavirus animal n'ait été identifié qui soit suffisamment similaire pour avoir servi de géniteur direct du SARS-CoV-2, la diversité des coronavirus chez les chauves-souris et autres espèces est massivement sous-échantillonné. » Il est concevable que quelque part il y ait une chauve-souris avec une souche du coronavirus qui est presque identique au SRAS-CoV-2 trouvé chez l'homme, mais cette chauve-souris n'a pas encore été trouvée.

    Bien qu'il soit possible que l'un des deux principaux laboratoires de Wuhan, en Chine, effectuant des recherches sur les coronavirus ait également des pangolins dans ses laboratoires, à ce stade, nous n'avons aucune preuve indiquant que ces laboratoires utilisaient ces animaux. (Nous avons des preuves solides qu'ils ont tous deux utilisé des chauves-souris.)

    Si les génomes du virus du SRAS-CoV-2 indiquent que ce virus s'infiltre dans les pangolins pendant un certain temps avant de sauter aux humains, ils indiquent un pangolin et rendent l'accident de laboratoire ou les scénarios de matériel viral mal éliminés moins probables. Il y a certainement suffisamment de preuves pour suggérer que la consommation illégale de pangolins se produisait, probablement dans toute la Chine et presque certainement à Wuhan.

    Mais cette pièce du puzzle est un ajustement difficile avec d'autres recherches qui s'éloignaient de l'origine de COVID-19 étant le marché des fruits de mer de Huanan.

    Premièrement, comme cet article de février dans La Lancette a noté, "27 (66%) des 41 patients avaient été exposés au marché des fruits de mer de Huanan." Cela signifiait qu'un tiers ne pouvait pas être retracé jusqu'au marché. Une étude distincte dans le Journal de médecine de la Nouvelle-Angleterre ne pouvait rattacher que 30 des 47 premiers cas au marché.

    Comme indiqué hier, deux microbiologistes australiens, John S. Mackenzie et David W. Smith, sont plus sceptiques quant au fait que COVID-19 est passé aux humains par les pangolins :

    La séquence faunique connue la plus proche du SRAS-CoV-2 reste la séquence du virus isolé d'une chauve-souris en fer à cheval intermédiaire, mais il y avait des différences significatives dans le domaine de liaison au récepteur entre les deux virus. Des pangolins malais (Manis javanica) ont été suggérés comme hôtes intermédiaires potentiels, et des virus de type SRAS ont été identifiés dans des pangolins saisis lors d'opérations anti-contrebande dans le sud de la Chine, mais ils ne partageaient qu'environ 85 à 92 % d'homologie avec le SRAS-CoV-2. .

    Mais la pièce du puzzle la plus flagrante est probablement l'étude des données génomiques qui suggèrent que la souche du virus trouvée sur le marché a évolué à partir d'autres souches trouvées ailleurs, et non l'inverse :

    En appliquant le génome du coronavirus de chauve-souris signalé (bat-RaTG13-CoV) comme groupe externe, nous avons constaté que les haplotypes H13 et H38 pourraient être considérés comme des haplotypes ancestraux, et plus tard H1 (dont les descendants comprenaient tous les échantillons du marché de gros des fruits de mer de Huanan) a été dérivé de l'haplotype intermédiaire H3. On estime que la taille de la population du SRAS-CoV-2 a subi une expansion récente le 6 janvier 2020 et une expansion précoce le 8 décembre 2019. Des analyses phyloépidémiologiques ont suggéré que la source du SRAS-CoV-2 sur le marché de gros des fruits de mer de Huanan était potentiellement importés d'ailleurs. Le marché bondé a ensuite stimulé la circulation du SARS-CoV-2 et l'a étendu à toute la ville début décembre 2019.

    Quelqu'un a-t-il rencontré ou mangé un pangolin ailleurs à Wuhan loin du marché des fruits de mer de Huanan, a-t-il contracté le SRAS-CoV-2, a-t-il voyagé dans la ville en infectant d'autres personnes, alors aller au marché et déclencher la plus grande épidémie ? Et à partir de là, ils ont fini par contracter une souche du coronavirus originaire de chauves-souris n'était pas liée aux recherches sur les coronavirus chez les chauves-souris en cours dans deux grands laboratoires de la ville ? C'est possible, mais c'est une séquence remarquable.

    J'ai l'impression que le scénario de « l'accident de laboratoire » est rejeté d'emblée par certaines personnes qui ne se rendent pas compte que ce genre de séquence d'événements s'est déjà produit en Chine il y a 16 ans :

    Le SRAS a envoyé le chef d'un autre haut responsable en Chine rouler. Hier, le directeur Li Liming du Center for Disease Control and Prevention (CDC) a démissionné, ainsi que plusieurs responsables de rang inférieur, après qu'un rapport d'un groupe d'experts ait imputé la plus récente épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère en Chine à une série de défauts à l'Institut national de virologie du CDC dans le sud de Pékin.

    L'épidémie du début de l'année, qui a rendu malade huit personnes à Pékin et dans la province d'Anhui et en a tué une (ScienceMAINTENANT, le 27 avril), a commencé lorsque deux travailleurs du laboratoire du CDC, indépendamment l'un de l'autre, ont développé le SRAS. La source la plus probable de leur infection, conclut le rapport, est un lot de virus du SRAS prétendument inactivé qui a été amené d'une installation à confinement élevé dans un laboratoire de recherche sur la diarrhée à faible sécurité où les deux travaillaient. Apparemment, le processus d'inactivation ajoutant un mélange de détergents au virus n'a pas fonctionné correctement, selon l'étude, dont seul un résumé de cinq paragraphes a été publié. En violation des procédures de sécurité standard, le chercheur qui a effectué l'inactivation, identifié uniquement par un nom de famille, n'avait pas testé si le virus était vraiment inactif, selon le panel.

    Certains scientifiques ont salué le rapport et la démission de Li. "C'est un signe clair pour les scientifiques chinois et le reste du monde que le gouvernement chinois prend [la biosécurité] au sérieux", déclare Guan Yi, virologue à l'Université de Hong Kong. Mais d'autres sont déçus que de nombreux détails sur l'incident et les procédures opérationnelles du laboratoire restent cachés. "J'espérais un compte rendu complet et plus ouvert de ce qui s'est passé", déclare Tony Della-Porta, un consultant australien en biosécurité qui a aidé à enquêter sur les précédentes évasions du SRAS à Singapour et à Taïwan.

    (Si vous avez déjà pensé que votre travail était difficile, pensez simplement aux mots « laboratoire de recherche sur la diarrhée à faible sécurité ».)

    Pour ce que ça vaut, le scénario de la « libération accidentelle d'un laboratoire » est apparemment envisagé par de hauts responsables du gouvernement britannique, et la chronique de David Ignatius dans le Washington Post Vendredi a suggéré que les responsables du renseignement américain ou les "scientifiques" non spécifiés ne peuvent pas exclure ce scénario.

    CNN s'est récemment entretenu avec certains des meilleurs virologues du pays et a constaté qu'il n'y avait pas encore de consensus clair :

    L'expert en armes biologiques de l'Université Rutgers, le Dr Richard Ebright, a déclaré à CNN : "La possibilité que le virus soit entré chez l'homme par un accident de laboratoire ne peut et ne doit pas être écartée… Il est absolument clair que le marché n'avait aucun lien avec l'origine du virus de l'épidémie, et, à la place , n'a été impliqué que dans l'amplification d'une épidémie qui avait commencé ailleurs à Wuhan presque un mois plus tôt. »

    "Je pense que des gens sont allés au marché aux poissons qui étaient déjà infectés", a déclaré à CNN Vincent Racaniello, professeur de microbiologie à l'Université de Columbia. "Chez les chauves-souris, ces virus sont des virus intestinaux, et ils excrètent les excréments de chauves-souris, que nous appelons guano", a-t-il déclaré. “Et si vous entrez dans une grotte à chauves-souris, elle est jonchée de guano. Et les agriculteurs de nombreux pays récoltent le guano pour fertiliser leurs champs.”

    Le Dr Simon Anthony, professeur à l'école supérieure de santé publique de l'Université de Columbia, a déclaré à CNN : « Au début de l'épidémie, tout le monde parlait de ce qui avait émergé du marché humide. Et maintenant, je pense que les données remettent en question si oui ou non cela est vraiment vrai.

    Certains pourraient se demander pourquoi nous devrions nous donner la peine d'examiner cela si des réponses claires sont susceptibles de ne jamais être trouvées. le virus. Mais l'origine du coronavirus est le mystère le plus grand et le plus important au monde en ce moment. Jusqu'à ce que nous sachions comment ce virus est entré chez l'homme, nous vivons avec le risque que cela se reproduise avec une autre souche, peut-être encore plus virulente ou contagieuse.


    Voir la vidéo: 1 Origine du Sars cov 2 (Août 2022).